1.目標績效需要整個公司的制度流程配合
很多企業績效管理不佳的原因在於沒有一個良好的企業文化，以及制度流程的配合，企業一定要有一個遠景規划，告訴員工企業的目標是什么，員工個人的目標和任務是什么，從遠景怎樣變成任務，變成現實，需要與流程制度緊密地結合起來。
2.績效制度建立了但是執行過程艱難：無法落地
績效管理是 “ 一把手 ” 工程，沒有企業管理者的支持，績效管理不可能做好。因此，績效管理執行和應用推廣離不開企業管理層的支持。同時，績效管理的執行過程需要與員工不斷的溝通，了解工作進展，糾正錯誤偏差，按照需要對目標進行修訂。
3.目標績效很難獲得真實、正確和及時的數據
維護績效管理的客觀性、公正性和有效性績效合同的有效履行必須有一整套管理制度和信息系統進行后台支撐。現實中，大多企業的績效管理體系和員工辦公過程是分開進行的，最終導致獲得的績效考核評估的數據偏離實際數據，缺乏真實性、客觀性。
4.目標績效成為員工的一種負擔：不斷的填寫數據表
企業員工的績效管理體現在員工的日常工作中，而現實中，由於大多企業目標績效體系與員工業務體系的分離導致目標績效過程成為不斷反復的填表過程，加重了員工的工作負擔，降低了工作效率，最終影響企業整體運營目標的實現。關鍵問題是如何將目標績效融入到員工日常工作中，將考核結果自動呈現出來。
5.同一指標數據不同的部門反映的數據不同
由於企業各部門之間的業務不同，同一指標數據有不同的數據來源，導致了數據的不一致。在績效數據的處理和分析轉化過程中會產生一定的偏差。
6.目標績效的執行無法與員工的日常辦公結合起來
現實中，大多企業的績效管理體系和員工日常工作的辦公平台是分離的，沒有交叉和重疊。而員工的績效恰恰反映在員工的日常辦公過程中，這樣最終導致的結果是一方面員工陷入了填表游戲，影響和工作效率，另一方面影響了績效考核的客觀性。
7.具體評價的適合度：缺少客觀依據，主觀因素太多
在績效管理的實踐過程中，企業的管理者們容易從一個極端走向另一個極端。過去，對於企業和員工的績效沒有評估，依據主觀判斷為主，人為因素占很大份量。引進績效管理后，又一味追求指標量化。一套科學的績效管理體系應當具備合理的量化和非量化的指標分布。
8.無法做到實時監控、及時調整目標績效體系的運營
大多企業的績效管理都是以季度或者半年為周期進行，同時在績效管理的過程中會耗費管理層一定的時間和精力，這樣就無法對企業的計划執行和目標實現情況做出實時的分析和反饋，以及時調整目標績效體系的運營，相反，如果過於頻繁的進行目標績效管理，則會耗費大量的人力和時間，對企業是有百害而無一利的。
9.目標績效考核如何對重要過程的監控，而不只是結果
績效管理體系是一個注重結果的體系，同時它也是一個注重過程的管理體系。把績效考核做為績效管理，忽視績效管理其他重要環節的做法是非常危險的。比如目標分解、目標調整、績效溝通、績效分析與改進、績效成績的運用等，這些環節恰好是績效管理最重要的過程環節。
10.目標績效管理必定是全員參與；
我們說，目標績效管理不僅僅只是人力資源部門的事情，企業各級員工應當扮演不同的角色。企業總經理贊助，支持，推動績效管理向深入開展；人力資源部經理負責設計績效管理實施方案，提供有關績效管理的咨詢，組織績效管理的實施；各部門經理負責執行績效管理方案，並對員工的績效提高進行指導，同時對員工的績效水平進行反饋；員工是績效管理的主人，擁有績效並產生績效。