結合實際的工作環境，在開始R研究的時候，首先着手收集的就是能以Web方式發布R運行結果的基礎框架，無耐的是，R一直以來常使用於個人電腦的客戶端程序上，大家習慣性的下載R安裝包，在自己的電腦上安裝 --> 寫算法 --> 運行 --> 以貼圖或者文檔的形式發表自己的作品。花了較長時間，終於找着了一套框架基本滿足要求，即FastRWeb (Fast Interactive Web Framework for Data Mining Using R），參考 （http://www.rforge.net/FastRWeb/），FastRWeb 是一個基礎架構環境, 可以讓R腳本運行在任何WebServer上，展示數據和圖形，用戶通過URL地址與R腳本進行通信交互。
目錄：
- 運行架構原理
- R3.2.5 安裝 （centos7）
- RStudio安裝配置 （centos7）
- FastRWeb安裝配置 （centos7）
- 開發demo: hello world
運行架構原理：
- Clinet向主機的Rserve服務發送http請求
- Rserve調用FastRWeb環境，執行R腳本
- 將執行結果返回
- 在實際工作中，不可避免會遇到一種情況，R腳本執行的結果保存在主機的物理磁盤上，為了讓client 通過 http 能訪問生成的文件，可以將文件存儲在 httpd 服務對應的 html 目錄下，R返回給Client 的可能是文件名，client 獲取到R返回的文件名后，再次發起 http 請求，訪問存儲在 httpd 服務站點文件。
- 注意：此場景下，client 發起的兩次請求實際上是調用主機的不同服務（即，Rserve服務和 httpd 服務, 所以要注意請求中不同服務的監聽端口）
Centos7 R3.2.5軟件包安裝:
- centos 系統軟件包下載地址 （https://cran.r-project.org/src/base/R-3/）, 截止當前，最新版本3.3.1, 我們選擇安裝的版本為：3.2.5
- 安裝R軟件依賴程序包，命令清單如下：
yum install -y gcc yum install -y gcc-c++ yum install -y gcc-gfortran yum install -y readline-devel yum install -y libXt-devel yum install –y libcur* yum install –y libxml* yum install –y openssl* -
將下載到本機的R安裝包軟件上傳文件至linux主機的某目錄下, 執行解壓命令：tar -zxvf R-3.2.5.tar.gz
- 命令：cd R-3.2.5 (切換至解壓后的目錄)
- 命令：mkdir -p /home/work/R
- 命令：./configure --prefix=/home/work/R --enable-R-shlib （設置R的工作目錄）
- 完成配置后界面如下顯示，則OK
R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu Source directory: . Installation directory: /home/work/R C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2 Fortran 77 compiler: gfortran -g -O2 C++ compiler: g++ -g -O2 C++ 11 compiler: g++ -std=c++11 -g -O2 Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2 Obj-C compiler: Interfaces supported: X11 External libraries: readline Additional capabilities: NLS Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling Capabilities skipped: PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU Options not enabled: memory profiling Recommended packages: yes configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages [root@R R-3.2.5]#
- 開始編譯安裝
- 命令：make
- 命令：make install
- 命令：vim ~/.bash_profile （配置環境變量，在打開的文件中加入下面一行代碼，此處的R路徑為上面安裝時的–prefix=/home/work/R）
PATH=/home/work/R/bin:$PATH - 命令：source ~/.bash_profile （使修改生效）
- 完成操作后執行： R （能正常進入R命令行，則ok,如下圖 )
RStudio 安裝配置：
- RStudio是一個非常實用的R語言的IDE，其服務器端軟件，可以將其構建在Linux服務器上，然后通過遠程網頁登陸訪問，使得R語言的使用獲得了極大的方便，也看成是一個小小的雲服務，官網（https://www.rstudio.com/home/），如下圖：RStudio Server 提供免費和商業授權版本
- 下載Centos 系統對應的軟件安裝包 （rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm），上傳至主機
- 命令： yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm (軟件安裝）
- 命令： echo 'rsession-which-r=/home/work/R/bin/R' >> /etc/rstudio/rserver.conf （結合上下文看此參數配置）
- RStudio 服務相關參考命令清單如下（僅作參考資料，在此步不用執行）：
systemctl status rstudio-server systemctl start rstudio-server systemctl stop rstudio-server systemctl restart rstudio-server -
執行下面的命令清單，給RStudio添加操作用戶和權限
adduser rstudio passwd rstudio usermod -g rstudio-server rstudio -
命令：systemctl start rstudio-server (啟動rstudio-server 服務，默認監聽端口 8787）
- 如果一切OK，通過瀏覽器就可以正常訪問，如下：
FastRWeb安裝：
- FastRWeb 可以快速地構建一個R的Web環境，FastRWeb 底層依賴於CGI程序，也就是說，只要能支持CGI程序的WebServer，就可以運行FastRWeb
- 命令: yum install -y cairo-devel (安裝FastRWeb依賴包Cairo)
- 命令：R （進入R命令行，FastRWeb 和 Rserve 安裝包都是在R命令行下在線安裝）
- R命令： install.packages("FastRWeb") (此過程中選擇安裝鏡像，centos7環境，選擇 22 http mirrors, http cran mirrors 選擇 21 (中國廈門））
- 安裝成功后如下圖：
g++ Rconnection.o Rcgi.o -o Rcgi -lcrypt make[1]: Leaving directory `/tmp/RtmpdpC13f/R.INSTALL53b568210efe/FastRWeb/src/Rcgi' rm -rf ../inst/Rcgi cp -r Rcgi ../inst mkdir ../inst/cgi-bin touch null.so null.dll # to make R CMD SHLIB happy installing to /home/work/R/lib64/R/library/FastRWeb/libs ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded * DONE (FastRWeb) The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpkNJBem/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done >
-
R命令：install.packages("Rserve")
- 安裝成功后界面如下圖：
./mergefat Rserve "/home/work/R/lib64/R/bin/Rserve" ./mergefat Rserve.dbg "/home/work/R/lib64/R/bin/Rserve.dbg" installing via 'install.libs.R' to /home/work/R/lib64/R/library/Rserve ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** testing if installed package can be loaded * DONE (Rserve) The downloaded source packages are in ‘/tmp/RtmpkNJBem/downloaded_packages’ Updating HTML index of packages in '.Library' Making 'packages.html' ... done >
-
R命令： q() (退出R命令行，返回linux命令行）
- 創建FastRWeb基於Rserve的運行環境（切換至FastRWeb安裝目錄， 先查一下安裝的目錄，然后切換至該目錄）
- 命令： find / -name FastRWeb (查 FastRWeb 安裝目錄，如下圖）
- 命令：cd /home/work/R/lib64/R/library/FastRWeb (切換至安裝目錄）
- 命令：./install.sh （安裝基於Rserve的運行環境，生成 /var/FastRWeb 目錄）
- 命令：cd /var/FastRWeb/code
- 命令：ls -la (查看文件內容）
-
- rserve.conf: Rserve的啟動參數
- rserve.R: Rserve的啟動腳本
- start: 啟動命令
- 命令：vim rserve.conf （默認情況下，rserve是提供socket通信接口，我們要將它改成http的通信接口，代碼如下）
http.port 8888 remote enable source /var/FastRWeb/code/rserve.R control enable
-
修改文件：rserve.R, 在文件上的最上面增加2行代碼，如下
library(FastRWeb) .http.request <- FastRWeb:::.http.request -
命令： ./start （開啟服務，注意：必須切換至 /var/FastRWeb/code 目錄下執行）
- 可通過 ps -aux|grep Rserve 和 netstat -nltp|grep Rserve 查看服務狀態，如圖：
- 要停止服務，可通過 kill 進程，如上圖的進程號，執行命令： kill -9 53652
- 也可用如下命令
[root@hdpjn06 bin]# pwd /home/work/R/bin [root@hdpjn06 bin]# ll total 36 -rwxr-xr-x 1 root root 8790 Mar 2 08:35 R -rwxr-xr-x 1 root root 22540 Mar 2 08:35 Rscript [root@hdpjn06 bin]# ./R CMD Rserve --RS-conf /var/FastRWeb/code/rserve.conf --vanilla --no-save
- 安裝完成后，通過瀏覽器能正常訪問則OK， 默認監聽端口 8888 （http://192.168.0.103:8888/info), 如下圖
開發Demo: hello world
- 在Rstudio IDE 編寫如下代碼保存，命名為Demo.R, 你可以使用本地Windows環境下的 rstudio ide ,也可使用瀏覽器上的IDE 環境
run <- function(...){ oprint("hello world") done() }
-
如果是本地環境開發的，將保存的Demo.R 文件上傳至 /var/FastRWeb/web.R 目錄下
- 在瀏覽器執行： http://192.168.0.103:8888/Demo, 結果如下圖則OK
