如何安裝R完成環境變量設置

0 說明

• 以 RScript 的形式運行 R 文件。
• 確定需要的包安裝在環境變量對應的 R應用軟件 上，否則會顯示找不到。
• 推薦直接打開 R.exe 安裝，而不是通過 Rstudio 安裝。

1 安裝R3.5.1

• if (已經安裝)
  • 確定版本是否>3.5.1
  • 找到 安裝路徑 例如：G:\R-3.5.1\
• else
  • 去官網下載 windows mac
  • 安裝並記錄 安裝路徑

2 命令行運行R

• 打開 CMD 或者 Terminal
• 輸入 R
• if (能夠打開)
  • 說明環境變量設置正確
• else

  • 修改環境變量

    • if 系統 = mac
    • 打開 Terminal 輸入

export PATH="/Users/YOURNAME/R-3.5.1/bin:$PATH"
```

    * __if__ (系統 = windows)
        * 搜索 環境變量 打開設置頁面
            * __if__ (可以逐行修改)
                * 添加一行 輸入 G:\R-3.5.1\bin\
            * __else__ 
                * 在原有的基礎上添加;G:\R-3.5.1\bin\

3 安裝BiocManager

• 打開 CMD 或者 Terminal
• 輸入 R，進入R語言環境
  

install.packages("BiocManager")
```

• 彈出頁面，選擇中國的鏡像
• if (安裝錯誤)
  • 去 官網 下載，對應OS的安裝包。找到 Windows binaries 或者 OS X binaries，下載 r-release。
  • 解壓縮，里面是一個 BiocManager 文件夾。
  • 放到 安裝路徑/library 文件夾中

4 安裝DECIPHER

BiocManager::install("DECIPHER")

• if (提示 Rcpp 或者 RSQLite 安裝失敗)
  • 重復安裝直到成功

install.packages("RSQLite")

install.packages("Rcpp")

5 驗證安裝成功

• CMD 或者 Terminal 中打開 R。
  library(DECIPHER)