單因子指數法是通過計算超標指數來確定評價等級的方法，在針對單因子進行評價分析時，常常選用單因子指數法。若評價對象區域的一類水質污染物對水質影響較大且所占比例較大時，通過單因子指數法可以分析出水環境質量的大體情況。
單因子污染指數法是將某種污染物實測濃度與該種污染物的評價標准進行比較以確定水質類別的方法。即將每個水質監測參數與其評價標准進行比較，確定水質類別，最后選擇其中最差的水質單項指標所屬類別來確定所測區域水體綜合水質類別，而弱化其他因子的作用。通過單因子污染指數評價可確定地下水體中的主要污染因子。
該方法的優勢在於概念明確、計算簡單，通過水質監測數據可以直觀體現出水質指標污染程度，然后計算每一個污染因子的超標指數，並將計算結果中最壞的指標評價級別作為整體水質的評價等級。不過這種評價方法較為消極，因為在所有評價指標中，只要有一項指標相對污染程度較大，則無需考慮余下因子的污染評價等級，得到的最終評價結果中水質等級都比較低，該方法應用於水質評價時一定程度上不能反映出水體的整體水質，因此一般與其他方法結合使用才能發揮其效益。
水質的單因子污染指數 Pi 的計算公式為: Pi = Ci /Si
式中: Ci 為第 i 種水質指標的實測濃度( mg /L) ; Si 為第 i 種水質指標的評價標准( mg /L) 。
以單因子指數評價為基礎，可以分析出水質平均污染指數（Water Quality Index，WQI），從而分析出評價對象污染程度，計算公式如下：
其中n為污染指標個數