BSA（Bulked Segregant Analysis）又稱混合群體分離分析法，是利用極端性狀進行功能基因挖掘的一種方法。主要思想是將兩個具有極端性狀的群體進行混池測序，比較兩個群體在多態位點（SNP）的Allele Frequency（AF）是否具有顯著差異。以植物株高性狀為例，收集株高處於兩個極端的樣本分別混池測序，通過全基因組掃描，找到AF具有顯著差異的位點，然后通過相關研究結果，對這些位點進行篩選，找到影響株高的功能位點。
BSA在1991年就被提出(Giovannoni et al., 1991; Michelmore et al., 1991)，只不過當時使用的標記不是SNP而是RAPD和RFLPs等傳統標記。隨着二代測序的發展，SNP標記的開發和測序成本的下降，使BSA技術成為QTL定位的有力工具。
最近在BSA技術上的出色工作，主要為日本Iwate Biotechnology Research Center的一個團隊。他們開發出了MutMap（Abe, A. et al., 2012）、QTL-seq（Takagi, H. et al., 2013）、MutMap+（R Fekih et al., 2013）、MutMap-Gap（Takagi, H. et al., 2013）等。
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