搭建高性能計算環境(一)、Linux操作系統的安裝和配置


一般課題組剛開始做計算,往往沒有專門的集群,主要用自己的PC機、工作站或者買幾台服務器來跑跑;小伙伴們摸索Linux的使用、編譯一些開源軟件、甚至寫點Shell腳本需要耗費很多時間,耽擱了讀文獻、碼論文的進展。

在此寫幾篇Blog,將Linux系統的安裝、設置,常用軟件的安裝、編譯整理出來,分享給大家(內容只包含單節點的情況,不涉及集群、作業調度系統及跨節點計算)。

1, 安裝CentOS6.2。

1)從光盤啟動后的界面,開始安裝系統。

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2)提示檢查光盤的完整性,可以跳過。

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3)根據提示按下一步。

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4)選擇語言,默認英文可以按需要選擇中文。

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4)選擇鍵盤模式、默認US不用改。

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5)開始硬盤分區部分。

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6)新硬盤會提示此警告,選擇Yes。

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7)設置機器的主機名,也可以裝好后再設置。

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8)選擇時區,一般選亞洲/上海。

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9)設置root用戶(管理員)密碼,密碼過於簡單會提示、可以無視。

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10)選擇custom自定義分區,也可以選擇其他項讓系統自動分區。

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11)此處分3個分區,200M的/boot,4G的交換分區和剩余的全部分到根分區/。

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12)選擇”write changes to disk”開始按照設置分區並格式化。

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13)引導的安裝位置,一般不用改(如果用U盤裝系統,此處一般需要改動)。

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14)選擇要安裝的軟件包,可以根據需要在custom中選擇全部的軟件包,此處選擇開發工作站。

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15)開始安裝選擇的軟件包,根據機器配置和選擇的軟件包數量需要的時間不定。

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16)系統安裝完成,重新啟動。

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17)系統重啟中。

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18)系統首次啟動需要配置一些選項。

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19)選擇Yes。

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20)創建一個普通用戶,輸入用戶名、密碼。

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21)設置好系統時間。

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22)kdump為系統如果異常崩潰,會將內存轉儲到core文件中,以便以后分析原因,一般人也看不懂這個信息,所以關掉吧(如果機器內存太小,這個就根本不能選Enable)。

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23)選擇Finish正式進入系統。

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2, 系統設置(使用root用戶登錄系統)。

1) 關閉防火牆。

打開一個終端,輸入setup,回車,出現如下畫面。

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選擇Firewall configuration回車,去掉Enable的選擇

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選擇OK回車,提示警告確認,選擇YES。

2) 關閉一些不需要的服務。

在終端輸入

chkconfig iptables off

chkconfig ip6tables off

chkconfig abrt-ccpp off

chkconfig abrt-oops off

chkconfig abrtd off

chkconfig NetworkManager off

chkconfig avahi-daemon off

chkconfig bluetooth off

chkconfig certmonger off

chkconfig iscsi off

chkconfig iscsid off

chkconfig kdump off

chkconfig libvirtd off

chkconfig libvirt-guests off

chkconfig postfix off

chkconfig qpidd off

3) 關閉selinux。

編輯selinux文件,修改為SELINUX=disabled(重啟后生效)

gedit /etc/sysconfig/selinux

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4) 設置網絡。

進入setup打開畫面的Network configuration選項

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選擇Device configuration為網卡配置IP地址

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網卡一般顯示為eth0、eth1等,一般服務器都有兩個以上的網卡,本機只有一塊網卡eth0

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為eth0網卡設置地址,如果是自動獲取ip選擇use dhcp然后直接選擇ok

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使用DNS configuration配置主機名和DNS

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填入相應的主機名和dns信息

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網絡配置好后一定要使用Save&Quit保存網絡設置信息並退出界面

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注意:因為系統默認開啟NetworkManager管理網絡,所以推薦手動修改網卡配置文件/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-ethX中的ONBOOT的no為yes,使網絡能隨機器開機啟動。

若機器有多個網卡,可以使用ethtool –p eth0來定位eth0對應的網口(網口有燈閃爍)。

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5) 修改/etc/hosts文件,加入自己的主機名。

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如果是固定ip建議寫成如下兩行:

127.0.0.1 localhost

自己的ip 自己的主機名

操作系統的安裝配置到此結束。

 

附CentOS6.2下載地址:

http://download.chinaunix.net/down.php?id=35273&ResourceID=13166&site=6


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