搭建高性能計算環境（八）、應用軟件的安裝之gromacs

1，下載安裝新版本的gcc（高版本的gcc只是推薦使用的，系統自帶的gcc4.4照樣能正常編譯、運行）

wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.8.2/gcc-4.8.2.tar.bz2
tar xvf gcc-4.8.2.tar.bz2
cd gcc-4.8.2
./contrib/download_prerequisites
mkdir build
cd build
../configure --prefix=/opt/gcc-4.8.2  --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release  --enable-languages=c,c++,fortran
make  此處可以使用make -j4進行4核並行編譯，提高速度。根據機器配置需要耗費時間不同，大概需要1個多小時。
make install

安裝完成后設置環境變量(/etc/profile)，需要重新登錄后才起作用。

export PATH=/opt/gcc-4.8.2/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.8.2/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-4.8.2/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

2，下載安裝fftw

wget http://fftw.org/fftw-3.3.4.tar.gz
tar xvf ~test/fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4
./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-float  --enable-shared
make
make install

3,下載安裝cmake

wget http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.12.2.tar.gz
tar xvf cmake-2.8.12.2.tar.gz
cd cmake-2.8.12.2
./configure --prefix=/opt/cmake-2.8.12.2
gmake
gmake install

安裝完成后設置環境變量(/etc/profile)，需要重新登錄后才起作用。

export PATH=/opt/cmake-2.8.12.2/bin/:$PATH

4，下載安裝gromacs

wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-5.0.2.tar.gz
tar xvf gromacs-5.0.2.tar.gz cd gromacs-5.0.2
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.2 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw-3.3.4/lib/libfftw3f.so"  -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/opt/fftw-3.3.4/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/opt/gcc-4.8.2/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/gcc-4.8.2/bin/g++  -DGMX_MPI=on -DGMX_GPU=on 
如果需要跨節點計算加上-DGMX_MPI=on，需要GPU支持加上-DGMX_GPU=on，需要提前配置好mpi和cuda環境
make –j4 並行編譯
make install

安裝完成后設置環境變量(/etc/profile)，需要重新登錄后才起作用。

export PATH=/opt/gromacs-5.0.2/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gromacs-5.0.2/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

5，測試，驗證安裝成功

wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/ADH_bench_systems.tar.gz
tar xvf ADH_bench_systems.tar.gz
cd adh_cubic
grompp_mpi –f rf_verlet.mdp
mdrun_mpi
如果能夠正常計算並結束，說明gromacs已經安裝成功。