Pajek----數據錄入
*Vertices N
n “k” ----節點編號為n，名稱為k
……
*Arcslist
a b c ----弧從點a到點b，權重為c
*Edgeslist
a b c ----邊從點a到點b，權重為c
*Matrix
1.N為節點總數，節點列表和名稱均可省略；
2.有向邊列表和無向邊列表，不可省略（這兩種列表都有節點方式和連邊方式）；
3.鄰接矩陣方式，數字1表示連接，0表示無連接，>1時表示權重；
4.各行之間一定不能留空行，否則無法識別連邊；
5.數據之間用空格或Tab分開；
6保存數據不必區分文件格式，txt即可通用，”.net”、”.vgr”、”.mat”等格式是指當選擇保存時所采用的格式；
7.只有在采用矩陣格式才可以省略*Arcslist&*Edgeslist。
Pajek----參數計算
度分布
利用Pajek中Net/Partitions/Degree菜單下的In/Out/All三個命令可分別對有向圖的節點求其入度，出度和總的度。對於無向圖，則只需用All一個命令即可。計算結果為一個Patition的文件，它按照每個節點的度值為網絡中所有的節點分類，而類的標號就是節點的度。
兩點間的最短距離
在Pajek中執行Net/Paths between 2 vertices/One shortest菜單命令，在彈出來的對話框中輸入起始節點和終止節點，則可以得到這兩個節點之間的最短路徑。輸出的結果為一個partition的文件。其中，若一個節點對應的類序號為0，則表示最短路徑不經過該節點，若為1，則表示最短路徑經過該節點。另外，利用Net/Paths between 2 vertices/All shortest菜單命令還可以得到兩點之間所有的最短路徑。
網絡的直徑
利用Pajek中的Net/Paths between 2 vertices/Diameter的菜單命令，可以求得網絡中距離最大的兩個節點的距離，即網絡直徑(該輸出結果在報告窗口中輸出)。
聚類系數
利用Pajek中的Net/Vector/Clustering Coefficients/CC1菜單命令，可對網絡求其各個節點的聚類系數CC1，分別有兩個輸出結果，一個是partition文件，它表示網絡中連接各個節點的鄰居的邊數。另一個為vector文件，它表示網絡中各個節點的聚類系數。