今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接，网上查发现都是老的方法，NCBI页面已经变更，于是看了NCBI的help，并且记录下来新版的sra数据下载方法，要用NCBI的工具SRA Tool ...

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处     R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。包括两个方面，一方面是写的快 ...

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。包括两个方面，一方面 ...

   SNP是单核苷酸多态性，人的基因是相似的，有些位点上存在差异，这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性，它影响着生物的性状，影响着对某些疾病的易感性。SNPedia是一个SNP调査百科，它引用 ...

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处 这里我们跟Cufflinks的原理一致，使用总的外显子长度，并且去除过多的重叠的外显子的部分。使用R语言,输入为基因的GTF文件 包的安装 ...

前言   处理vcf文件的时候，需要多种切割，正则匹配，如果要自己写其实会比较麻烦，并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码。因此很多人会选择一些python的vcf的库， ...

pyclone介绍   可以根据多个样品突变的allele frequency 和 copy number，推断出有该突变的细胞克隆所占的比例（cellular prevalence）在不同样品间的 ...

前期处理 perl脚本统计RC(RC(read counts)) 读入control baseline 和 sigma（最后baseline 预测的mad值） 将gc < 0.2 ...

处理基因组数据，很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观，如果绘图的话，把n多G把数据用画图出来不仅费劲，就算操作也不方便。因此我们可以用UCSC开发出的genome browser ...

  测序产生的bam文件，有一些reads在cigar值里显示存在softclip，有一些存在hardclip，究竟softclip和hardclip是怎么判断出来的，还有是怎么标记duplicate ...