PacBio全基因组测序和组装
PacBio公司的业务范围也就5个（官网）： Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio ...
原文：NextDenovo 组装基因组
NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT，Pacbio, HIFI 默认参数可对 X数据更有效 ，可通过correct assemble对其进行组装。组装后，每个碱基正确率为 . ， 可进一步通过NextPolish进行polish。 具体详情可阅读githup即可，https: github.com Nextomics NextDenovo 安装 需要如下： Python ...
2021-01-22 14:52 0 456 推荐指数：
相关推荐
「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
对初步组装进行polish 以FASTA和BAM文件作为输入，根据比对结果对输入的参考基因组进行提高，包括 单碱基差异 小的插入缺失(indels) 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装 最后输出polish后的FASTA ...
组装三代番木瓜基因组——by Serenity Fang
# 估算测序深度、reads数目、N50等值（自写perl程序）： $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 统计结果如下： # 基因组组装三步走1. Correction 2. ...
基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施
的选择 4）质控、基因组组装、质量评估 5）基因组注释 6）生物学分析 ...
二代数据组装叶绿体基因组
与核基因组相比，细胞器基因组相对来说，更为保守，并且序列较短，更加易于组装，仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法，仅供参考。 1 数据 本次我使用的二代数据为50X。下机后，首先通过fastq对其进行过滤，改软件操作较为简单，仅仅使用-q 20 ...
对组装之后的三代基因组进行polish
一：利用pilon软件进行二代数据对三代数据polish 准备数据 ： 三代数据组装好的基因组文件：draft.fa illumina的双端测序数据经过质控之后的数据：read1_fq.gz read2_fq.gz 比对（bwa） 构建索引 ...
【基因组组装评估】转录组比对率
做完基因组组装后，通常要评估基因组的质量，目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage，BUSCO，LAI等。转录组数据比对率也是我们常用的方法，通常可以排除转录组数据是否存在问题，也方便在后续注释中排除转录组数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率 ...
基因组组装算法
目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（Celera Assembler、PBcR），de Bruijn Graph（SOAPdenovo ） 和 String Graph（Falcon）。 相关文献 基于De Bruijn图的宏基因组 ...