「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish
对初步组装进行polish 以FASTA和BAM文件作为输入，根据比对结果对输入的参考基因组进行提高，包括 单碱基差异 小的插入缺失(indels) 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装 最后输出polish后的FASTA ...
原文：三代基因组consensus：Minimap+miniasm组装，racon+pilon纠错
用Li Heng开发的Minimap miniasm进行组装，然后用racon pilon进行纠错。 三代测序拼装软件，三代测序平台Nanopore Pacbio产生的数据的一个共同点就是，读长长，错误率高，在用于分析之前需要对数据进行特殊处理 consensus，纠错 ，再进行拼装任务，Liheng 开发的Miniasm可以直接对未处理的长读长序列进行快速拼装，在对Miniasm拼装的Conti ...
2019-10-30 09:36 0 895 推荐指数：
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