原文:PacBio的异构体测序(Iso-Seq)

在真核生物中,大多数基因可以编码多个蛋白质,这是因为基因经过可变剪接,可产生多个转录异构体,从而大大增加了基因组的蛋白编码潜力。来自同一个基因的可变剪接异构体可能有着明显不同 甚至拮抗的作用。为了研究基因表达,研究人员利用新一代测序方法研究了生物体各个基因的片段,这种方法通常称为RNA测序 RNA seq 。短读长RNA seq的原理是将转录本异构体打断成较小的片段,然后利用生物信息学工具将其重新 ...

2018-09-06 14:56 0 1332 推荐指数:

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Iso-seq 必备基础

Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名;是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录本的一种测序技术。 对于iso-seq 的分析而言,必须掌握以下几个基本概念: 1)ROI ...

Mon Sep 04 22:27:00 CST 2017 0 1725
计算烷烃的同分异构体个数 (结构异构)

  本质上就是一个无标号无根树带度数限制的计数问题. 将问题一般化:   求 n 个点的无标号无根树的个数, 且每个点的度数不超过 m. 烷基 (有根树)   首先考虑计算烷基的个数 (即有根 ...

Tue Aug 07 05:20:00 CST 2018 0 1595
PacBio全基因组测序和组装

PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
测序原理 - PacBio技术资料

手头有一套完整的PacBio技术资料,会慢慢的总结到博客上。 写在前面:PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS,一个是最新的Sequel,下面如果没有指明则是在讲RS平台。 SMRT测序技术总览(SMRT® Sequencing Technology Overview) 首先必须对下面 ...

Tue Dec 06 17:33:00 CST 2016 0 3400
第三代PacBio测序技术的测序原理和读长

针对PacBio单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长 DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术 ...

Tue May 14 04:20:00 CST 2019 0 469
转录组测序(RNA-seq)技术

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水 平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应 用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于 Illumina 高通量测序平台的转录组测序技术使 能够在单核苷酸水平 ...

Sun May 12 00:18:00 CST 2019 0 1336
单细胞测序 doublet 二聚

Doublets及其形成的原因单细胞测序期望每个 barcode 标签下只有一个真实的细胞,但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个 barcode 的情况,业内称之为 doublets 或 multiplets(后面统称为 doublets)。Doublets 形成的原因主要是高通量单细胞测序 ...

Mon Jun 28 00:04:00 CST 2021 0 230
 
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