GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言,内置的支持并行,适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步:第一步编辑参数列表对应的json文件,第二步直接运行Cromwell.jar eg 对于一个WDL脚本,有5个核心 ...
GATK使用简介 Part GATK 全称The Genome Analysis Toolkit 是Broad Institute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件,里面包含了很多有用的工具。 网址:http: www.broadinstitute.org gsa wiki index.php Home Page 前段时间刚发布了 .x版本的,最近几天都在不断更新,网址也搬迁到 http: w ...
2013-11-09 17:18 0 10053 推荐指数:
GATK的pipeline使用WDL进行编写 WDL是一种流程管理语言,内置的支持并行,适合编写pipeline 运行wdl脚本需要两步:第一步编辑参数列表对应的json文件,第二步直接运行Cromwell.jar eg 对于一个WDL脚本,有5个核心 ...
近期在测试多样品的WES的过程中发现用HC得到gvcf之后,合并多个样品的gvcf文件的过程中,使用CombineGVCFs的过程中很慢,发现官网推荐使用GenomicsDBImport 用法如下: ...
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化。 软件安装 GATK 简单说明 GATK分析简要流程 所需数据 : ref.fa reads1.fq ...
版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字。 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Libr ...
一、使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法。 (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新 ...
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