Flye 三代组装


 

Flye: 原始 PB / ONT reads 作为输入文件,输出 polished contigs文件

 

Genome Data Asm.Size NG50 CPU time RAM
Human CHM1 PB 100x 2.8 Gb 18.8 Mb 2700 h 676 Gb

 

CHM1 was run with --asm-overage 40

 

Flye使用重复图作为核心数据结构。与de Bruijn图(需要精确的k-mer匹配)不同,重复图的边表示基因组序列,节点定义了连接点。每个边分为独特的或重复的。基因组以未知方式遍历图,因此每个唯一的边在遍历中恰好出现一次。重复图揭示了基因组的重复结构,这有助于重建最佳装配。

 

参考来源:

https://github.com/fenderglass/Flye

 


免责声明!

本站转载的文章为个人学习借鉴使用,本站对版权不负任何法律责任。如果侵犯了您的隐私权益,请联系本站邮箱yoyou2525@163.com删除。



 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM