原文:Flye 三代组装

Flye:原始PB ONT reads作为输入文件,输出 polished contigs文件 Genome Data Asm.Size NG CPU time RAM Human CHM PB x . Gb . Mb h Gb CHM was run with asm overage Flye使用重复图作为核心数据结构。与de Bruijn图 需要精确的k mer匹配 不同,重复图的边表示基因 ...

2019-11-05 09:53 0 340 推荐指数:

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三代全长转录组测序和组装

这些三代全长转录组测序的相关问题,可以帮到爱学习的我哦 1.什么是三代全长转录组测序 三代全长转录组测序,即利用PacBio三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术,实现了无需拼接的转录本分析,克服了传统二转录 ...

Tue Jun 30 23:16:00 CST 2020 0 2071
三代测序组拼接组装工具Falcon

基因组装配工具Falcon工作流程 1 Falcon简介Falcon (Fast Alignment and CONsensus),是由PacBio(太平洋生物科技公司)新开发的二倍体基因组从头拼接组装工具,由HGAP(Hierarchical Genome Assembly Process ...

Tue Aug 22 01:37:00 CST 2017 0 3362
组装三代番木瓜基因组——by Serenity Fang

# 估算测序深度、reads数目、N50等值(自写perl程序): $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 统计结果如下: # 基因组组装三步走1. Correction 2. ...

Wed May 17 04:49:00 CST 2017 0 1763
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估

三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...

Tue May 14 23:46:00 CST 2019 0 1286
Falcon:三代reads比对组装工具箱

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具。 Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法。 为了提高计算速度,它有 ...

Mon Aug 01 17:10:00 CST 2016 0 5032
组装之后的三代基因组进行polish

一:利用pilon软件进行二数据对三代数据polish 准备数据 : 三代数据组装好的基因组文件:draft.fa illumina的双端测序数据经过质控之后的数据:read1_fq.gz read2_fq.gz 比对(bwa) 构建索引 ...

Sat Jun 06 01:36:00 CST 2020 0 1189
使用wtdbg利用三代数据进行基因组de novo组装

相较于其他三代数据组装软件(Canu(也可用于纠错),smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip等) wtdbg有如下优点: 安装运行简单 (可用run_wtdbg_assembly.sh脚本生成运行脚本),运行 ...

Fri Oct 18 17:56:00 CST 2019 0 937
 
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