技術背景 分子動力學模擬在新材料和醫葯行業有非常重要的應用，這得益於分子動力學模擬本身的直觀表述，用宏觀的牛頓力學，結合部分微觀的量子力學效應，就能夠得到很好的符合統計力學推斷的結果。可以說，分子動力學模擬從理論上跨越了物理化學生物等多個學科，而從實踐上又包含了計算機科學、人工智能的大量輔助 ...

技術背景 在分子動力學模擬的過程中，考慮到運動過程實際上是遵守牛頓第二定律的。而牛頓第二定律告訴我們，粒子的動力學過程僅跟受到的力場有關系，但是在模擬的過程中，有一些參量我們是不希望他們被更新或者改變的，比如穩定的OH鍵的鍵長就是一個不需要高頻更新的參量。這時就需要在一次不加約束的更新迭代之后 ...

技術背景 周期性邊界是分子動力學模擬中常用的一種技術手段，不僅可以完整的概述完整的分子體系的特性，在一部分場景下還可以提升計算的效率，從作用上來看更像是一類的近似模型（假設有一個原子逃出這個周期性邊界封裝的盒子，一定會有另一個相同原子從相對的邊界走進這個盒子）。 不加周期性邊界的場景 ...

技術背景 在分子動力學模擬過程中會遇到一些拓撲結構非常復雜的分子模型，所謂的復雜不僅僅是包含眾多的原子，還有各種原子之間的成鍵關系與成鍵類型等。這時候就非常能夠體現一個好的可視化軟件的重要性了，這里我們介紹的VMD是一個業界非常常用、功能也非常強大的一款軟件。 VMD的安裝 首先訪問VMD ...

Molecular Dynamics 定義 簡單講分子動力學（Molecular Dynamics，MD）是在經典力學框架下，給定初始位置和速度，對分子體系時間演化（動力學）的模擬，本質上就是在計算機里進行一個well-controlled實驗。 DL_POLY 分子動力學模擬軟件 ...

Gromacs分子動力學模擬主要可以分為以下幾個步驟，不同的體系步驟可能略有不同。 在開始之前，先簡單了解一下預平衡： 分子動力學模擬的最終目的是對體系進行抽樣，然后計算體系的能量，各種化學鍵，成分分析等等。打個比方說，我們有一個蛋白質，我們想將它放入一種溶液中（可能是水，也可能不 ...

各有關單位: 分子動力學模擬是一種研究分子體系結構與性質的重要方法，已被廣泛用於化學化工、生物醫葯、材料科學與工程、物理等學科領域。傳統實驗需要大量的人力物力而且耗時，而計算機模擬的方法省時省力，可以用來求解解析理論無法求解的問題，模擬實驗做起來困難或不可能做的條件，得到更貼近實際體系 ...

1.系統的准備： 假設有一個PDB文件含有500多個殘基並且構成兩條鏈。首先修飾PDB文件：除去remarks, connectivity data 和 HETATM lines的數據(不包括晶體水 ...