單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...
實驗室馬上要開始做heart的單細胞空間轉錄組,需要提前了解一下基本的data。 廢話不多說,先把示例數據和教程跑一遍,找找感覺。 參考:Seurat . 系列教程 :空間轉錄組的分析 可視化與整合 樣本制備 獲取高質量數據的前提 參考: Visium Spatial Gene Expression x Genomics NC 單細胞空間轉錄組學聯合揭示雞胚心臟發育過程 可以直接借鑒 單細胞文章 ...
2021-12-16 19:02 0 138 推薦指數:
單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...
本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization ...
From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 單細胞測序主要涉及單細胞基因組測序和轉錄組測序兩個方面,分別針對單細胞DNA及RNA進行序列分析和比較。單細胞測序一直是科學家關注的一個熱點。單細胞基因組測序目前主要有兩種擴增 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...
摘要 單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seq, scRNA-seq)強調了細胞間 ...
R bioconductor中的scRNAseq數據包是專門提供scRNA-seq數據的包。 1.Introduction scRNA-seq包提供了一個方便的途徑來獲得公開的數據集,這些數據集是以SingleCellExperiment 格式存儲的。 查看表達數據矩陣: 2. ...
本次分享一篇今年2月才發表於Nature Methods的基於單細胞轉錄組數據推斷基因調控網絡的方法比較的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...
本,這些轉錄本分別在細胞/個體分化發育的不同階段,在不同的組織中有各自特異的表達和功能,從而極大地豐富了編碼R ...