scRNA-seq數據獲得（R包scRNAseq）

R bioconductor中的scRNAseq數據包是專門提供scRNA-seq數據的包。

1.Introduction

scRNA-seq包提供了一個方便的途徑來獲得公開的數據集，這些數據集是以SingleCellExperiment
格式存儲的。

library(SingleCellExperiment)
library(scRNAseq)
fluidigm <- ReprocessedFluidigmData()
fluidigm

查看表達數據矩陣：

assay(fluidigm)

2. Available data sets

可獲得的數據集可以分為兩類，第一類包含表達矩陣，由scRNAseq作者從每個實驗得到的原始
測序數據產生的，這些包括：

• ReprocessedFluidigmData()包含65個細胞來自Pollen et al. (2014).
• ReprocessedTh2Data()提供96個T helper cells from Mahata et al. (2014).
• ReprocessedAllenData()提供379個來自小鼠視覺皮層的細胞，這是來自Tasic et al. (2016)
  的數據集的子集。
  第二類包含表達矩陣是有每個研究的作者提供。除了在計數矩陣和樣本元數據之間進行一些交叉檢查以外，沒有執行其他任何處理。
  
  
  

3. Adding new data sets

暫時用不上，略