原文:宏基因組分箱軟件metaWRAP報錯記錄與解決方法

最近學習微生物宏基因組分箱 binning ,按官方文檔安裝metaWRAP,踩了一堆坑,記錄一下報錯及解決方法: . metaWRAP安裝 安裝教程及下載地址:GitHub bxlab metaWRAP: MetaWRAP a flexible pipeline for genome resolved metagenomic data analysis 作者推薦使用Conda Mamba安裝,不 ...

2021-11-28 18:14 0 2123 推薦指數:

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比較基因組分

1. 基因家族聚類 基因家族是來源於同一個祖先,由一個基因通過基因重復和物種分歧而產生兩個或更多的拷貝而構成的一組基因,它們在結構和功能上具有明顯的相似性,編碼相似的蛋白質產物,同一家族基因可以緊密排列在一起,形成一個基因簇,但多數時候,它們是分散在同一染色體的不同位置,或者存在於不同的染色體 ...

Sat Mar 24 21:05:00 CST 2018 2 8163
宏基因組測序及分析

宏基因組測序: 濃度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA兩次需要量>=3ug 宏基因組測序需要提供什么樣品要求? (1)提供環境微生物的基因組DNA或者擴增產物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
基因組分析方案

目錄 一、研究內容 1.比較基因組分析 2. 核心基因/非必需基因分析 泛基因組大小模擬 核心基因/非必需基因功能富集 核心基因/非必需基因保守性分析 核心基因/非必需基因與重復序列相關性 ...

Fri Jul 23 07:30:00 CST 2021 0 279
在物種水平上的宏基因組比對分析流程

文章鏈接:http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者:Yee Voan Teo, Nicola Neretti 時間:2016.10.15 摘要: 許多宏基因組分類工具在宏基因組學領域 ...

Sun Nov 20 19:26:00 CST 2016 0 1550
MetaPhlAn 2:宏基因組進化分析

描述 MetaPhlAn是分析從物種水平分辨率宏基因組鳥槍法測序數據的微生物群落(細菌,古細菌,真核細胞和病毒)的組成的計算工具。從版本2.0,MetaPhlAn還能夠確定具體的菌株(在將樣品含有先前測序的菌株的不那么頻繁的情況下),並跟蹤跨越樣品菌株的所有物種。 MetaPhlAn 2依靠 ...

Thu Nov 17 18:20:00 CST 2016 0 1768
16S測序和宏基因組測序的區別

https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ http://www.sohu.com/a/146620511_769248 宏基因組測序(MetagenomicsSequencing)是對環境樣品中全部微生物的總DNA(也稱宏基因組 ...

Mon Feb 03 06:18:00 CST 2020 0 2809
擴增子、宏基因組測序問題集錦

擴增子常見問題 01 實驗室檢測的DNA濃度很高,送到公司檢測之后濃度卻比較低呢? 1、老師在實驗室多采用Nanodrop對DNA濃度進行檢測,而在公司我們會結合Qubit、Nanodrop、瓊脂糖電泳三種方法檢測DNA樣品的質量 ...

Thu Aug 03 08:13:00 CST 2017 0 3044
宏基因組】MEGAN4,MEGAN5和MEGAN6的Linux安裝和使用

MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因組學進行物種和功能研究的常用軟件,實際上現在的Diamond+MEGAN6已經是一套比較完整的物種和功能注釋流程了。 但是由於各種原因,我們在流程中使用的並非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差別較大,尤其在命令行模式下。網上 ...

Mon Oct 28 18:05:00 CST 2019 0 382
 
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