原文:【基因組注釋】ncRNA注釋

目錄 . ncRNA . 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 . 注釋 tRNA rRNA snRNA miRNA等 . snRNA miRNA等結果的統計 . ncRNA 非編碼RNA Non coding RNA, ncRNA 包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 和microRNA 等不編碼蛋白質的RNA,它們轉錄后直接在RNA 水平上就能行使各自的生物學功能 ...

2021-10-11 12:11 1 2029 推薦指數:

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基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
轉錄入門(4):了解參考基因組基因注釋

任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
基因組序列注釋基因結構預測)

基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋注釋前首先得構建基因模型,有三種策略: 同源預測(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高,所以可以使用已有的高質量近緣物種注釋信息通過序列聯配的方式確定外顯子邊界和剪切位點 基於轉錄預測 ...

Sun Dec 22 01:29:00 CST 2019 0 4736
【轉錄入門】4:參考基因組注釋文件

作業要求: 在UCSC下載hg19參考基因組,我博客有詳細說明,從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業,截圖幾個基因的IGV可視化結構!還可以下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖基因結構 ...

Sun Jul 01 05:27:00 CST 2018 0 9768
R語言實現對基因組SNV進行注釋

很多時候,我們需要對取出的SNV進行注釋,這個時候可能會在R上進行注釋,通常注釋文件都含有Chr(染色體)、Start(開始位點)、End(結束位點)、Description(描述),而我們的SNV文件通常是擁有Position(位置),因此我們可以先定位Chr,再用Postion去定位 ...

Sat Apr 08 04:50:00 CST 2017 0 1566
參考基因組注釋文件下載

從三大核酸數據庫NCBI、Ensembl、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應關系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...

Fri Sep 21 00:44:00 CST 2018 0 11029
 
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