NCBI下載SRA數據
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情，但是今天碰到幾個坑： 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網，直接在SRA搜索欄里： 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
原文：如何利用efetch從NCBI中批量下載數據？
目錄 找序列 下序列 假設我要從NCBI中下載全部水稻的mRNA序列，如何實施 找序列 第一步，肯定是找到相關序列。 我從ncbi taxonomy進入，搜索oryza。因為要搜索mRNA核酸序列，從此選擇nucleotide，點擊Go： 注意，如果你真正想要的是哪些序列。比如，稻屬中可能野生稻之類的並非你想要的。這時就要用oryza sativa搜索，或者從oryza中選擇合適的。 進一步在左 ...
2021-08-06 00:02 0 147 推薦指數：
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