原文:plink軟件計算位點雜合度和樣本雜合度

雜合度計算分為兩種:位點雜合度和樣本雜合度 計算位點雜合度,測試數據如下: hardy計算位點雜合度 het 計算樣本雜合度 首先要剔除沒有多態的位點: ...

2021-07-08 13:55 0 326 推薦指數:

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GenomeScope評估基因組大小和雜合度

在測序一個新物種時,首先需要對該物種的基因組結構有所了解,包括以下幾個內容: 基因組大小 重復片段大小 雜合度大小 基因組越大,雜合度也大,重復片段越大,該物種的組裝難度就越大。通常我們會通過genome survery分析,對以上幾個指標 ...

Tue Apr 07 18:20:00 CST 2020 0 4235
什么是軟件的內聚度和耦合度

一、聯系 當一個程序段或語句(指令) 引用了其它程序段或語句(指令)中所定義或使用的數據名(即存貯區、地址等)或代碼時,他們之間就發生了聯系。一個程序被划分為若干模塊時,聯系既可存在於模塊之間,也可 ...

Mon Dec 25 09:51:00 CST 2017 0 3950
純合子,雜合子,雜合性缺失

不同時,則稱該區域為雜合子(Heterozygous)。由於個體的體細胞染色體基本上時配對的,這給雜合子的存在 ...

Wed Apr 18 18:09:00 CST 2018 0 1584
如何降低耦合度

一、什么是耦合度  耦合度就是某模塊(類)與其它模塊(類)之間的關聯、感知和依賴的程度,是衡量代碼獨立性的一個指標,也是軟件工程設計及編碼質量評價的一個標准。耦合的強度依賴於以下幾個因素:(1)一個模塊對另一個模塊的調用;(2)一個模塊向另一個模塊傳遞的數據量;(3)一個模塊施加到另一個模塊的控制 ...

Wed Jul 05 17:52:00 CST 2017 0 5256
plink計算兩個SNP的連鎖不平衡值(LD)

PLINK提供了“--ld”的參數計算兩個SNP的連鎖不平衡值。 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下數據: --ld rs123 rs134: R-sq ...

Tue Apr 30 00:11:00 CST 2019 0 1779
vcf文件(call variants得來的)怎么看變異是純合還是雜合

如下圖片所示: 對於位置為48245131的allele來說,REF為A,ALT為C 想確定變異到底是純合還是雜合,即兩條染色體是否同時發生了變異,則看GT,GT對應的數值為0/1,說明該變異為雜合; 如果GT對應的數值為0/0,說明該變異為純合。 ...

Mon Jun 26 02:15:00 CST 2017 0 1309
 
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