1、測試數據 2、計算觀測雜合度和期待雜合度 ...
雜合度計算分為兩種:位點雜合度和樣本雜合度 計算位點雜合度,測試數據如下: hardy計算位點雜合度 het 計算樣本雜合度 首先要剔除沒有多態的位點: ...
2021-07-08 13:55 0 326 推薦指數:
1、測試數據 2、計算觀測雜合度和期待雜合度 ...
在測序一個新物種時,首先需要對該物種的基因組結構有所了解,包括以下幾個內容: 基因組大小 重復片段大小 雜合度大小 基因組越大,雜合度也大,重復片段越大,該物種的組裝難度就越大。通常我們會通過genome survery分析,對以上幾個指標 ...
一、聯系 當一個程序段或語句(指令) 引用了其它程序段或語句(指令)中所定義或使用的數據名(即存貯區、地址等)或代碼時,他們之間就發生了聯系。一個程序被划分為若干模塊時,聯系既可存在於模塊之間,也可 ...
1、准備測試數據10個樣本,10個位點 2、提取特定位點 [root@linuxprobe test]# ls test.map test.ped testsite.map testsite.ped testsite.txt [root@linuxprobe ...
不同時,則稱該區域為雜合子(Heterozygous)。由於個體的體細胞染色體基本上時配對的,這給雜合子的存在 ...
一、什么是耦合度 耦合度就是某模塊(類)與其它模塊(類)之間的關聯、感知和依賴的程度,是衡量代碼獨立性的一個指標,也是軟件工程設計及編碼質量評價的一個標准。耦合的強度依賴於以下幾個因素:(1)一個模塊對另一個模塊的調用;(2)一個模塊向另一個模塊傳遞的數據量;(3)一個模塊施加到另一個模塊的控制 ...
PLINK提供了“--ld”的參數計算兩個SNP位點的連鎖不平衡值。 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下數據: --ld rs123 rs134: R-sq ...
如下圖片所示: 對於位置為48245131的allele來說,REF為A,ALT為C 想確定變異到底是純合還是雜合,即兩條染色體是否同時發生了變異,則看GT,GT對應的數值為0/1,說明該變異為雜合; 如果GT對應的數值為0/0,說明該變異為純合。 ...