原文:單細胞測序之質控分析(QC 質量控制)

單細胞測序之質控分析 QC 為什么要做質控 在細胞分離過程中的細胞損傷或者文庫制備的失敗 無效的逆轉錄或者PCR擴增失敗 ,往往會引入一些低質量的數據。這些低質量的數據的主要特點是 以下一行表示一個基因,一列表示一個細胞 : 細胞整體上的counts值少 從列的角度看,一列數據的總和偏小 基因的低表達 從行的角度看,一行數據普遍過小 線粒體基因或者spike in的比例相對較高 如果這些損傷的行或 ...

2021-06-25 19:31 0 523 推薦指數:

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RNA測序質量控制

RNA測序質量控制 發表評論 3,112 A+ 所屬分類: Transcriptomics 收 藏 ENCODE項目向我們揭示 ...

Sun Nov 11 01:06:00 CST 2018 0 638
單細胞測序學習(一)

一、單細胞測序簡介   單細胞測序技術(single cell sequencing)是指在單個細胞水平上,對基因組、轉錄組、表觀組進行高通量測序分析的一項新技術,它能夠彌補傳統高通量測序的局限性,揭示單個細胞的基因結構和基因表達狀態,反映細胞間的異質性。   我們經常看到的scRNA-seq ...

Thu Oct 29 17:13:00 CST 2020 0 658
單細胞測序學習(二)

三、單細胞測序原理   今天主要介紹單細胞測序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前單細胞測序的兩大主流平台,所以今天的單細胞測序原理介紹也是基於這兩個平台的。  (1)10X Genomics單細胞測序原理         上圖是10X單細胞測序的原理圖。首先要 ...

Thu Oct 29 17:19:00 CST 2020 0 1281
GWAS學習筆記(一):質量控制QC

本系列文章采用的數據集與代碼來自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。 該教程獲得了許多人的推薦,是一份很詳細的step-by-step guide。 本文將介紹該教程中的QC部分(1_QC_GWAS.zip),后續 ...

Sat Aug 01 22:27:00 CST 2020 0 948
GWAS學習筆記(一) | 質量控制QC

本系列文章采用的數據集與代碼來自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。 該教程獲得了許多人的推薦,是一份很詳細的step-by-step guide。 本文將介紹該教程中的QC部分(1_QC_GWAS.zip),后續或將繼續添加有關QC ...

Sun Aug 02 00:31:00 CST 2020 0 1239
單細胞測序的知識

單細胞測序的知識 劉小澤 已關注 2018.07.20 21:33* 字數 1885 閱讀 675評論 0喜歡 7 劉小澤寫於18.7.20https://hemberg-lab.github.io ...

Sat Oct 20 04:02:00 CST 2018 0 1917
測序數據質量控制

  基於邊合成邊測序(Sequencing By Synthesis,SBS)技術,Illumina HiSeq2500高通量測序平台對cDNA文庫進行測序,能夠產出大量的高質量Reads,測序平台產出的這些Reads或鹼基稱為原始數據(Raw Data),其大部分鹼基質量打分能達到或超過Q30 ...

Fri Jan 01 01:23:00 CST 2016 0 6388
 
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