目錄 需求 方法一 方法二 需求 客戶反映,完整的基因組太大打不開,要我將之按各條染色體和scaffold拆分。如何快速實現? 方法一 借助工具: 方法二 自己寫腳本:split.pl 運行:perl split.pl ...
基因組長度 利用seqkit統計長度 結果如下: sum len總長度 各條染色體 利用pyfaidx 或者利用samtools建立的索引 結果 這里把gap也算進去了。如果不想統計,就自己寫個腳本吧。 https: pypi.org project pyfaidx ...
2021-05-28 14:13 0 2451 推薦指數:
目錄 需求 方法一 方法二 需求 客戶反映,完整的基因組太大打不開,要我將之按各條染色體和scaffold拆分。如何快速實現? 方法一 借助工具: 方法二 自己寫腳本:split.pl 運行:perl split.pl ...
1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備: ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①:染色體長度文件 用基因組序列提取每條染色體的長度信息,結果是NC_開頭的基因組編號,不是染色體號 記錄 ...
參考基因組fasta文件添加index 命令一 命令二 (投遞任務時,500M內存夠用) 命令三 這三個命令下來,建立的參考基因組的index夠大部分生信流程用 ...
動物基因組大小(需翻牆) 植物已測序的基因組大小 真菌基因組大小 原核生物基因組大小 5.NCBI怎么缺呢 注:若如,可要查近源種 ...
資料來源: 細胞、染色體、DNA和基因的關系 細胞核中包含染色體,人體共有23對染色體(22+XY/XX),染色體由DNA組成,DNA是由互補鹼基對組成的雙螺旋結構,DNA鏈中只有一部分信息可以編碼為蛋白質,這些蛋白質是構成細胞和組織最小的組成成分,這些有效編碼的部分稱為gene,而不能有效編碼 ...
下載基因組外顯子信心 網站 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt 運行下列代碼 ...
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...
RNA-seq這個工具該什么時候用?ATAC-seq該什么時候用?有相當一部分項目設計不行,導致花大錢測了一些沒有意義的數據。 還是在中心法則這個框架下來解釋,這是生物信息的核心。打開華大科技服務官網梳理一下現在到底都有些什么測序技術: 全基因組測序和重測序 - 組裝以及尋找變異 ...