來自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2進行基因組注釋 BRAKER2是一個基因組注釋流程,能夠組合GeneMark,AUGUSTUS和轉錄組數據。 在使用軟件之前,有幾點需要注意下 盡量提供高質量的基因組。目前隨着三代 ...
目錄 流程使用 問題 記錄下braker 的使用要點,以備忘記。 流程使用 braker 有很多流程,根據你的數據:組裝的基因組 轉錄組 蛋白 同源,包括近緣或遠緣 選擇不同流程,官網有說明: https: github.com Gaius Augustus BRAKER 現在的動植物組裝,大多數都含有以上三類數據吧,因此可選擇如下流程,用公共數據庫OrthoDB中的直系同源蛋白,根據自己的物種 ...
2021-05-24 21:28 0 1963 推薦指數:
來自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2進行基因組注釋 BRAKER2是一個基因組注釋流程,能夠組合GeneMark,AUGUSTUS和轉錄組數據。 在使用軟件之前,有幾點需要注意下 盡量提供高質量的基因組。目前隨着三代 ...
基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋。注釋前首先得構建基因模型,有三種策略: 同源預測(homology-based prediction):有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高,所以可以使用已有的高質量近緣物種注釋信息通過序列聯配的方式確定外顯子邊界和剪切位點 基於轉錄組預測 ...
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...
目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...
參考基因組下載 基因組各版本的對應關系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...
任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因的結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...
之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...
參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...