本次分享一篇今年2月才發表於Nature Methods的基於單細胞轉錄組數據推斷基因調控網絡的方法比較的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...
GENIE GENIE GEne Network Inference with Ensemble of trees , 使用基於樹的集成學習算法,來通過基因表達數據來推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE 末尾的 並不是指GENIE的第三版本,而是因為通過法語口音來發音的話, tree 和 three發音是一樣的。附上兩個法語發音: tree, three GENIE 內置了兩種基於樹的集成學 ...
2021-03-30 20:33 0 481 推薦指數:
本次分享一篇今年2月才發表於Nature Methods的基於單細胞轉錄組數據推斷基因調控網絡的方法比較的文章,“Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell ...
最近需要繪制基因調控網絡,選擇了python語言中比較popular的networkx包,先上目前結果圖: 節點是基因或者其他實體,邊代表調控關系,黑色的邊代表抑制,紅色的邊代表激活,紅色的節點代表自我激活,黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點:邊可以有不同的顏色,指向符號可以修改 ...
本文為入門級的基因調控網絡文章,主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念:基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN),簡稱調控網絡,指細胞內或一個基因組內基因和基因之間的相互作用關系形成的網絡,特指基因調控 (gene regulation) 導致基因 ...
基因調控網絡的概念在之前已經簡要介紹過:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁頓表觀遺傳景觀(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因調控下細胞分化的動態性的一個經典的隱喻 ...
做了好久的RNA-seq分析,基因表達也在口頭溜了幾年了,但似乎老是浮在表面。 對一件事的了解程度決定了你的思維深度,只想做技工就不用想太多,想做大師就一定要刨根問底。 老是說基因表達,那么什么是基因表達?我們測序得到的基因表達其實只是一種表型,是樣本的一個快照,和普通的身高體重之類的連續型 ...
目錄 1. 主要參考文獻 1) 綜述 2)研究和方法 水稻PNAS——張啟發、刑鋒 棉花NC——胡冠菁、包穎 ...
RNA-seq這個工具該什么時候用?ATAC-seq該什么時候用?有相當一部分項目設計不行,導致花大錢測了一些沒有意義的數據。 還是在中心法則這個框架下來解釋,這是生物信息的核心。打開華大科技服務官網梳理一下現在到底都有些什么測序技術: 全基因組測序和重測序 - 組裝以及尋找變異 ...
類似篇:轉錄因子motif TSS區域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一個新的領域,現在我關注的是可變剪切調控因子,如PTBP1,它們有特定的RNA結合motif,類似TF。 相同點: 都是蛋白質的序列結合區域 ...