原文:淺析GENIE3基因調控網絡推斷

GENIE GENIE GEne Network Inference with Ensemble of trees , 使用基於樹的集成學習算法,來通過基因表達數據來推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE 末尾的 並不是指GENIE的第三版本,而是因為通過法語口音來發音的話, tree 和 three發音是一樣的。附上兩個法語發音: tree, three GENIE 內置了兩種基於樹的集成學 ...

2021-03-30 20:33 0 481 推薦指數:

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用python包networkx繪制基因調控網絡

最近需要繪制基因調控網絡,選擇了python語言中比較popular的networkx包,先上目前結果圖: 節點是基因或者其他實體,邊代表調控關系,黑色的邊代表抑制,紅色的邊代表激活,紅色的節點代表自我激活,黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點:邊可以有不同的顏色,指向符號可以修改 ...

Tue Jul 28 17:39:00 CST 2020 0 566
基因調控網絡 (Gene Regulatory Network) 01

本文為入門級的基因調控網絡文章,主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念:基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN),簡稱調控網絡,指細胞內或一個基因組內基因基因之間的相互作用關系形成的網絡,特指基因調控 (gene regulation) 導致基因 ...

Sun Feb 16 05:46:00 CST 2020 0 5387
基因功能 & 基因表達調控)研究方案

做了好久的RNA-seq分析,基因表達也在口頭溜了幾年了,但似乎老是浮在表面。 對一件事的了解程度決定了你的思維深度,只想做技工就不用想太多,想做大師就一定要刨根問底。 老是說基因表達,那么什么是基因表達?我們測序得到的基因表達其實只是一種表型,是樣本的一個快照,和普通的身高體重之類的連續型 ...

Wed Jun 12 22:35:00 CST 2019 0 1199
綜述 - 染色質可及性與調控表觀基因組 | Chromatin accessibility and the regulatory epigenome

RNA-seq這個工具該什么時候用?ATAC-seq該什么時候用?有相當一部分項目設計不行,導致花大錢測了一些沒有意義的數據。 還是在中心法則這個框架下來解釋,這是生物信息的核心。打開華大科技服務官網梳理一下現在到底都有些什么測序技術: 全基因組測序和重測序 - 組裝以及尋找變異 ...

Fri Feb 15 01:53:00 CST 2019 0 2664
 
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