原文鏈接:http://tecdat.cn/?p=23891 原文出處:拓端數據部落公眾號 可以使用環狀圖形展示基因數據比較。可以添加多種圖展信息,如熱圖、散點圖等。 本文目標: 可視化基因組數據 制作環形熱圖 環形熱圖很漂亮。可以通過R來實現環形熱圖。 首先,讓我們生成 ...
年 月 日 更新 給每個exon編排序號,方便管理 cat gencode.v .annotation.gtf grep ENSG cut f grep exon sort k uniq less S 更新:又用了一段時間,發現是真的好用,可惜就是服務器上裝不上,只能在Mac上用了。 核心代碼很少: library ggbio hg library EnsDb.Hsapiens.v ensdb ...
2021-03-05 17:57 0 301 推薦指數:
原文鏈接:http://tecdat.cn/?p=23891 原文出處:拓端數據部落公眾號 可以使用環狀圖形展示基因數據比較。可以添加多種圖展信息,如熱圖、散點圖等。 本文目標: 可視化基因組數據 制作環形熱圖 環形熱圖很漂亮。可以通過R來實現環形熱圖。 首先,讓我們生成 ...
首先在這里先感謝我們【Bio生信學習交流群】的群友和創建此群的群主【陳博士后】。 今天解決的問題是怎么查看自己的基因組數據是哪個Genome Reference Versions。 步驟: 第一步,打開你的基因組數據bim文件(Plink格式),隨便找一個 ...
上一篇說了qplot函數,現在說一下ggplot函數 本身不能實現,需要添加層才可以。ggplot2的核心函數 ...
基因組里的小寫字母的序列就是soft masking,也就是被標記的重復序列。 怎么把重復序列提取出來,保存為bed文件? 參考:Uppercase vs lowercase letters in reference genome ...
繪制出主要用於基因組序列的可視化(繪制基因組圈圖),至少目前我是用來干這個事情的。現在circos也被其 ...
,分為三個部分,此篇為Part1,推薦學習一些基礎知識后閱讀~ Part 1: Introduction to ggplot2, 覆蓋構建簡單圖表並進行修飾的基礎知識 Part 2: Customizing the Look and Feel, 更高級的自定義圖形 ...
。 > library(ggplot2) > mpg2 <- subset(mpg ...
1 安裝 # 獲取ggplot2 最容易的就是下載整個tidyverse: install.packages("tidyverse") # 也可以選擇只下載ggplot2: install.packages("ggplot2") # 或者下載GitHub上的開發者版本 ...