這是博客改版的第一篇博文，選擇最近使用的生物信息學軟件——circos開始寫起。circos是用perl寫的生物軟件，從發表的文章來看
學習circos主要是熟悉配置文件的編輯方法，搞清楚其中的標簽、參數的含義。只有完全清楚了這些東西才能夠輕松自如的讓circos繪制出主要用於基因組序列的可視化（繪制基因組圈圖），至少目前我是用來干這個事情的。現在circos也被其他領域模仿用來做很多圖形。
你想要的圖片。如果你的英語基礎還不錯，推薦直接到官方網站看教程，一遍看教程一遍練習上手會很快（官方教程地址：http://circos.ca /documentation/tutorials/）。如果讀起來有困難，也可以參考一些中文的經驗文章，目前好像也沒有找到完整的中文教程。在豆瓣小 組似乎有一個翻譯計划，但是這么久也沒有看到成果出來，所以我只能硬着頭皮自己學習並做了一些筆記，隨后在我的博客（www.dengfeilong.com)上分享出來。
先說circos的安裝， circos是免安裝的perl軟件，但是必須安裝perl，我在用的ubuntu上自帶了perl。如果沒有安裝，可以下載Strawberry Perl：http://strawberryperl.com/。除了perl，則是安裝一些perl需要的cpan。方法（以linux系統為例）：
1、首先安裝perl並檢查哪些模塊沒有安裝。cd到解壓后的circos目錄下，再操作一下命令。
> cd bin > ./list.modules
此時可以看到已安裝的modules和未安裝的modules，使用shell命令安裝需要的perl模塊。
> perl -MCPAN -e shell ... cpan[1]>install Math::Bezier ...
注意：需要注意安裝的權限，在運行shell代碼的時候可以用sudo perl-MCPAN -e shell
安裝全部modules之后就可以運行circos了，cd到example目錄下運行run測試軟件能否正常工作。如果在example目錄下生成圖片成功，則可以正常使用，如果不能，請看具體的錯誤提示。歡迎留言探討。