原文:2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera從NCBI的SRA數據庫中下載原始測序數據

目錄 .Conda連接不上鏡像源問題 . aspera不能再獨立使用 .使用prefetch搭配aspera . prefetch下載方法 記錄下下載過程,為自己和后人避坑。 .Conda連接不上鏡像源問題 首先是anaconda安裝軟件或創建環境時遇到的問題。即使換完清華源和其他鏡像源以后依舊報錯。 嘗試了很多方法:換源,刪除.condarc中的default等,都不行。最后嘗試了鏡像源中,將 ...

2021-02-03 14:14 0 1186 推薦指數:

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NCBI SRA數據庫

簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...

Thu Jul 19 04:44:00 CST 2018 0 1663
NCBI下載SRA數據

NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...

Tue Feb 27 00:42:00 CST 2018 0 6223
NCBI SRA數據庫使用詳解

/48272598_749456477.shtml 我的下載數據在/home/username/ncbi/public/s ...

Fri Aug 24 05:03:00 CST 2018 0 14081
NCBI下載sra數據(新)

  今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接,網上查發現都是老的方法,NCBI頁面已經變更,於是看了NCBI的help,並且記錄下來新版的sra數據下載方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄,總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中斷不能繼續 ...

Mon Aug 14 18:52:00 CST 2017 0 22600
3.測序SRA數據下載與轉換

一、官方下載工具Sratoolkit安裝   推薦使用conda直接安裝,避免配置環境的麻煩,但sratoolkit在conda鏡像中的包名為sra-tools 二、SRA文件下載地址獲取 1.NCBI GEO數據庫下載地址 2.輸入 ...

Sat Feb 19 00:54:00 CST 2022 0 1003
使用Aspera (ascp 命令)從NCBI高速下載數據

1. 簡介 生物信息研究人員往往需要從NCBI/sra 或者EBI/ENA下載高通量的測序數據。而通過NCBI申請獲得的數據往往需要通過Aspeara進行下載。 2. Aspeara 安裝 $ wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net ...

Fri Jul 24 01:40:00 CST 2020 0 2770
GEO/SRA數據庫

GEO數據庫 GEO數據庫隸屬於NCBI,是最大最全面的基因表達數據庫,主要是芯片和轉錄組測序數據。除儲存數據外,也提供一些數據挖掘工具,因此利用好這個數據庫,沒有實驗,沒有自己的數據也能發好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ...

Wed Sep 06 21:51:00 CST 2017 0 2293
 
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