原文:微生物組與代謝組關聯分析

注:此PPT來自上海交通大學附屬第六人民醫院陳璐老師的講座,侵權刪。 陳老師主要做代謝疾病的,講座中提到的兩個工具可下源碼:https: github.com chentianlu 另外,想要代謝入門的同學可讀讀她寫的代謝組學數據分析綜述文章: 梁丹丹,李憶濤,鄭曉皎,陳天璐等,代謝組學全功能軟件研究進展。上海交通大學學報 醫學版 , , Vol. Issue : ...

2020-12-11 18:49 0 554 推薦指數:

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antiSMASH數據庫:微生物次生代謝物合成基因簇查詢和預測

2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)雜志上,在線公布了一個可搜索微生物次生代謝物合成基因簇的綜合性數據庫antiSMASH數據庫 4.0版,前3版年均引用250次,累計引物1600+;可實現基因與基因之間的相關天然產物合成基因簇的查詢和預測 ...

Wed Aug 02 05:46:00 CST 2017 0 1296
代謝學】4.生物標志物分析

概念 生物標志物,即傳說中的biomarker,是一類可測量的,用來表征疾病狀態的物質,通常用於表征: 疾病的狀態(是否為某種疾病/某種亞型); 葯物敏感性,用於用葯指導; 生理狀態監測。 類型 預后指標 預測疾病的預后效果(獨立於治療),如AB1-42可用於診斷 ...

Fri Jan 03 06:35:00 CST 2020 0 3626
代謝學】4.生物標志物分析

目錄 概念 類型 效果評價 多變量ROC分析 驗證 分析工具 概念 生物標志物,即傳說中的biomarker,是一類可測量的,用來表征疾病狀態的物質,通常用於表征: 疾病的狀態(是否為某種疾病/某種亞型); 葯物敏感性,用於用葯 ...

Wed Dec 30 19:51:00 CST 2020 0 619
代謝分析

綜述文章 標准數據 流程樣例 & 實用工具 MetaboAnalyst的多組學分析 代謝學數據質量評估 主成分分析(PCA) PLS-DA/OPLS-DA二維圖 數據歸一化分析 ...

Tue Jun 08 00:34:00 CST 2021 0 993
微生物+計算細胞倍增時間

TOP ## 1 簡介 雖然做生長曲線和求代際時間貌似是個很簡單常規的東西,可是到我一直不大確定自己求的對不對... 這次下定決心不再亂做... 不看解釋,跳到[作圖](#tag) ## 2 定義 ### 微生物 * 細菌,真菌 培養和測定 細菌:液體培養,不同的時間測定OD600 ...

Wed Sep 06 22:40:00 CST 2017 0 2280
微生物-細菌-葡萄球菌

細菌-葡萄球菌 葡萄球菌葡萄球菌是一群革蘭氏陽性球菌,因常堆聚成葡萄串狀,故名。多數為非致病菌,少數可導致疾病。葡萄球菌是最常見的化膿性球菌,是醫院交叉感染的重要來源,菌體直徑約0.8μm,小球形, ...

Tue Mar 01 16:59:00 CST 2022 0 658
微生物群落多樣性測序與功能分析

微生物群落多樣性測序與功能分析 1.幾個概念:16S rDNA(或16S rRNA);OTU;測序區段。 1.3測序區段:由於16S rDNA較長(1.5kb),我們只能對其中經常變化的區域也就是可變區進行測序。16S rDNA包含有9個可變區,分別是v1-v9。一般我們對v3-v4雙可變區域 ...

Mon Aug 31 07:12:00 CST 2020 0 734
代謝學】5.功能分析

目的 和轉錄或蛋白分析原理類似,目的是: 將大量的差異代謝物降維到少量的顯著富集的代謝通路,方便解釋科學問題; 從通路水平上可以更好解釋表型背后的生物學原理/過程。 富集分析方法 富集分析的本質:某個代謝通路在不同的狀態下(如疾病與健康)是否發生了顯著變化? ORA富集 回答的問題 ...

Thu Jan 16 05:54:00 CST 2020 0 1747
 
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