生物信息-McScan（Python-jcvi）共線性畫圖
比較基因組學中，共線性的分析的圖無疑是最漂亮的。 共線性分析可以很好地解釋進化關系和多倍化事件。 本文主要介紹的是唐老師的Python版McScan（jcvi工具包），這個包很強大，但是其功能在官網的說明並不詳細，在眾人的博客中也比較零散。 我剛使用這個包的時候（2017年）還很難安裝，需要 ...
原文：MCscan-Python-jcvi 共線性畫圖最后一章更新
經過幾輪調試和修改，共線性圖終於可以上眼了。如下： 圖中紅色的為目標基因，藍色的為reference species目標基因周圍 個基因，天藍色為再往外 個基因，黃色為與reference species存在的共線性，灰色為相鄰物種間的共線性。 標注有物種信息，scaffold信息，並用顏色加以區分物種的不同屬性。 最后一章的代碼和思路更新見公眾號。 接下來公眾號將繼續更新R畫圖和文獻等內容。 ...
2020-11-17 11:56 0 585 推薦指數：
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作者：JSong，時間：2017.12.18，公眾號：JSong老師 多重共線性是使用線性回歸算法時經常要面對的一個問題。在其他算法中，例如決策樹和貝葉斯，前者的建模過程是逐步遞進，每次拆分只有一個變量參與，這種建模機制含有抗多重共線性干擾的功能；后者干脆假定變量之間是相互獨立的，因此從表面上看 ...