比較基因組學中，共線性的分析的圖無疑是最漂亮的。
共線性分析可以很好地解釋進化關系和多倍化事件。
本文主要介紹的是唐老師的Python版McScan（jcvi工具包），這個包很強大，但是其功能在官網的說明並不詳細，在眾人的博客中也比較零散。
我剛使用這個包的時候（2017年）還很難安裝，需要預裝各種依賴，不過現在的同學們很幸福了，可以直接用pip一鍵安裝了。
軟件包鏈接：https://github.com/tanghaibao/jcvi
安裝過程很簡單：
pip install jcvi
pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
如果安裝不成功，再執行一次上述命令即可。
python 用conda安裝即可。
官方配圖如下：
鄙人拙作如下：
本文其實並沒有想用常規的方法告訴同學們怎么用，我只是想告訴同學們一鍵生成最終結果的辦法：
1. 兩兩物種之間的共線性分析和畫圖：
諸君只需要准備好下載好的兩個需要比對的基因組序列文件和注釋文件（species.gff），進行格式化：
#下載基因組相關數據
get-genome.pl
#格式化基因組序列文件
format_fa.pl
#格式化基因組注釋文件
format_gff.pl
#共線性畫圖
#統計共線塊的分布情況
2. 多物種基因組序列比對，保守序列/區域畫圖（准備好lastz軟件，不需要准備注釋文件）
# 獲得物種兩兩比對結果
lastz-axt.sh reference species
# 獲得多序列比對結果
roast tree *sing.maf roast.maf
# 獲得各物種與reference的比對矩陣
由於發現了其他網站的搬運工，本處將未發表內容暫時隱去了，可能一年后會和發表文章一起更新。
# 生成配置文件
# 畫多序列共線性圖（如下，可以直觀看到倒位，缺失等重要信息，圖中注釋信息位置均可以進行調整）
python -m jcvi.graphics anchors seqids layout
3. 多物種基因共線性圖（准備好blastp軟件，需要gff注釋文件）
# blastp比對
# 獲取各物種與reference的RBH比對矩陣
# 生成配置文件（anchors文件由RBH矩陣替換）
# 畫圖
python -m jcvi.graphics anchors seqids layout
本操作流程節約了各種配置編輯和試錯的時間和精力，增加了無注釋文件或者非編碼區（全基因組序列，而非僅基因區）的共線性分析。
注意事項：
1. 雖然可以conda一鍵安裝python，pip一鍵安裝jcvi，但是如果有依賴在嘗試兩次安裝jcvi后依然無法自動安裝，請手動安裝。
2. 注意所有文件在第一步的時候進行嚴格地格式化，請文件中不要出現特殊字符，盡量只有數據/字母/下划線（原始文件只有兩個，基因組序列文件和注釋的gff文件）。
3. 如果要添加顏色，請在矩陣中加上注釋（紅色：r*；黃色：y*）
*. 有任何BUG，請及時與管理員聯系。
腳本將陸續公布於網站cospure.cn和github中。
腳本的寫作和解讀將陸續在微信公眾號中進行講解。
本博客主要用於文章和軟件的前期撰寫和測試，后期整理的詳細版請關注微信公眾號swxxfxxx。
以上，
abysw
