原文:生物信息-McScan(Python-jcvi)共線性畫圖

比較基因組學中,共線性的分析的圖無疑是最漂亮的。 共線性分析可以很好地解釋進化關系和多倍化事件。 本文主要介紹的是唐老師的Python版McScan jcvi工具包 ,這個包很強大,但是其功能在官網的說明並不詳細,在眾人的博客中也比較零散。 我剛使用這個包的時候 年 還很難安裝,需要預裝各種依賴,不過現在的同學們很幸福了,可以直接用pip一鍵安裝了。 軟件包鏈接:https: github.com ...

2020-10-17 21:39 0 4075 推薦指數:

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共線性分析-MCscan - pythonjcvi

本來是不會再寫這個文檔的,但是由於長時間沒有用這個模塊,這個模塊不知道是我自己弄掉了,還是別的同學誤刪了,於是我重新安裝一下。 首先下載conda,並下載好python which pip 直接安裝 注意: 1. 請下載conda3版本,本模塊 ...

Wed Nov 04 02:22:00 CST 2020 0 1067
MCscan-Python-jcvi 共線性畫圖最后一章更新

經過幾輪調試和修改,共線性圖終於可以上眼了。如下: 圖中紅色的為目標基因,藍色的為reference species目標基因周圍15個基因,天藍色為再往外15個基因,黃色為與reference species存在的共線性,灰色為相鄰物種間的共線性。 標注有物種信息,scaffold ...

Tue Nov 17 19:56:00 CST 2020 0 585
Python:多重共線性檢驗

本文出處:https://www.pythonheidong.com/blog/article/891810/fca72fefb44eebb191e8/ 1.多重共線性概念 共線性問題指的是輸入的自變量之間存在較高的線性相關度。共線性問題會導致回歸模型的穩定性和准確性大大降低,另外,過多 ...

Fri Nov 19 01:32:00 CST 2021 0 1195
基因共線性

共線性又稱同線性,是一個物種的基因組中相互連鎖的基因,在另一物種的基因組中也是連鎖關系, 而且在兩個物種的遺傳圖上的位置也是相同的 。 ...

Tue Oct 29 03:21:00 CST 2019 0 1004
多重共線性

檢驗多重共線 如果發現存在多重共線性,可以采取以下處理方法。 (1)如果不關心具體的回歸系數,而只關心整個方程預測被解釋變量的能力,則通常可以不必理會多重共線性(假設你的整個方程是顯著的)。這是因為,多重共線性的主要后果是使得對單個變量的貢獻估計不准,但所有變量的整體效應仍可以較准確 ...

Fri Sep 03 22:28:00 CST 2021 0 122
多重共線性診斷及處理

一、定義 多重共線性(Multicollinearity)是指線性回歸模型中的解釋變量之間由於存在較精確相關關系或高度相關關系而使模型估計失真或難以估計准確。完全共線性的情況並不多見,一般出現的是在一定程度上的共線性,即近似共線性。 二. 目前常用的多重共線性診斷方法   1.自變量 ...

Mon Nov 26 19:34:00 CST 2018 0 11649
講講共線性問題

作者:JSong,時間:2017.12.18,公眾號:JSong老師 多重共線性是使用線性回歸算法時經常要面對的一個問題。在其他算法中,例如決策樹和貝葉斯,前者的建模過程是逐步遞進,每次拆分只有一個變量參與,這種建模機制含有抗多重共線性干擾的功能;后者干脆假定變量之間是相互獨立的,因此從表面上看 ...

Tue Dec 19 06:31:00 CST 2017 0 1059
 
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