比較基因組學中,共線性的分析的圖無疑是最漂亮的。 共線性分析可以很好地解釋進化關系和多倍化事件。 本文主要介紹的是唐老師的Python版McScan(jcvi工具包),這個包很強大,但是其功能在官網的說明並不詳細,在眾人的博客中也比較零散。 我剛使用這個包的時候(2017年)還很難安裝,需要 ...
本來是不會再寫這個文檔的,但是由於長時間沒有用這個模塊,這個模塊不知道是我自己弄掉了,還是別的同學誤刪了,於是我重新安裝一下。 首先下載conda,並下載好python which pip 直接安裝 注意: . 請下載conda 版本,本模塊由python 支持 . home目錄和電腦C盤一樣,如果home空間有限,請安裝在其他目錄下 . 將python執行路勁寫進bashrc 類似Windows ...
2020-11-03 18:22 0 1067 推薦指數:
比較基因組學中,共線性的分析的圖無疑是最漂亮的。 共線性分析可以很好地解釋進化關系和多倍化事件。 本文主要介紹的是唐老師的Python版McScan(jcvi工具包),這個包很強大,但是其功能在官網的說明並不詳細,在眾人的博客中也比較零散。 我剛使用這個包的時候(2017年)還很難安裝,需要 ...
經過幾輪調試和修改,共線性圖終於可以上眼了。如下: 圖中紅色的為目標基因,藍色的為reference species目標基因周圍15個基因,天藍色為再往外15個基因,黃色為與reference species存在的共線性,灰色為相鄰物種間的共線性。 標注有物種信息,scaffold ...
目錄 軟件的安裝 基因組的准備 一些細節 建議和示例 軟件的安裝 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,現在已有python3版本,建議用py3 ...
本文出處:https://www.pythonheidong.com/blog/article/891810/fca72fefb44eebb191e8/ 1.多重共線性概念 共線性問題指的是輸入的自變量之間存在較高的線性相關度。共線性問題會導致回歸模型的穩定性和准確性大大降低,另外,過多 ...
共線性又稱同線性,是一個物種的基因組中相互連鎖的基因,在另一物種的基因組中也是連鎖關系, 而且在兩個物種的遺傳圖上的位置也是相同的 。 ...
#===================================== 版本1 ================================== 鏈接地址:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 作者: wyp 版本:Perl ...
軟件簡介 MCScanX工具集對MCScan算法進行了調整,用於檢測共線性和同線性區域,還增加了可視化和下游分析。。MCscanX有三個核心工具,以及12個下游分析工具。 軟件安裝 進入官網http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下載安裝 ...
檢驗多重共線 如果發現存在多重共線性,可以采取以下處理方法。 (1)如果不關心具體的回歸系數,而只關心整個方程預測被解釋變量的能力,則通常可以不必理會多重共線性(假設你的整個方程是顯著的)。這是因為,多重共線性的主要后果是使得對單個變量的貢獻估計不准,但所有變量的整體效應仍可以較准確 ...