基於MatrixEQTL進行eQTL mapping analysis——以GTEx數據庫為例
MatrixEQTL是一個快速有效的cis/trans eQTL mapping分析工具，被The Genotype-Tissue Expression (GTEx)數據庫用於eQTL mapping分析。使用MatrixEQTL進行eQTL mapping需要五個輸入文件，即SNP.txt ...
原文：GTEx簡介 | eQTLGen | Blood eQTL
目錄 什么是eQTL 是通過哪些數據計算得來的，數據格式是什么 eQTL一般都富集在基因組的什么區域 幾個常見的eQTL數據庫 什么是GTEx 目前第幾版了 GTEx里面有哪些數據 GTEx有哪幾篇里程碑文章 大部分課題組是如何利用GTEx數據的 GTEx eQTLGen數據下載download GTEx files 小知識 一個SNP與一個gene，一般就選TSS上下游的gene，blood是金 ...
2020-09-23 17:07 0 3014 推薦指數：
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首先QTL是數量性狀位點，比如身高是一個數量性狀，其對應的控制基因的位點就是一個數量性狀位點，而eQTL就是控制數量性狀表達位點，即能控制數量性狀基因（如身高基因）表達水平高低的那些基因的位點。 數量性狀基因座：控制數量性狀的基因在基因組中的位置稱數量性狀基因座。常利用DNA分子標記技術對這些區域 ...
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GTEx數據庫
GTEx database：該數據庫是健康人貢獻的組織的RNASeq的數據。還有snp信息。將snp信息與gene的表達水平結合起來。 donor： donor貢獻的tissue。 gene表達水平（用FPKM表示gene的表達水平）受其周圍snp的影響，這樣的gene ...
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GTEx數據庫-TCGA數據挖掘的好幫手
轉自生信菜鳥團,如有侵權j,請聯系微信:biozhangz進行刪除. GTEx數據庫-TCGA數據挖掘的好幫手 Posted on 2018年11月26日 通常我們在挖掘TCGA數據庫的時候，會發現該項目納入的正常組織測序結果是非常少的，也就是說很多病人都不會有他的正常 ...
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1、eQTL、mQTL共定位分析的作用 eQTL、mQTL共定位分析屬於Post-GWAS的一項重要工作，旨在GWAS結果的基礎上鑒定與表型相關的eQTL和mQTL位點。 傳統的GWAS是將全基因組范圍內的常見變異進行關聯分析，鑒定與表型相關的基因座，但鑒定出來的位點大多數位於基因間隔區 ...