在數據分析中,經常需要下載物種的參考基因組序列,這時有很多數據庫可以選擇,比如NCBI, Ensembl, UCSC這三個通用的數據庫,或者該物種特有的數據庫, 比如模式生物擬南芥等有專門的數據庫。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中對於同一個物種,編號不統一,在這里整理一下它們之間 ...
植物基因組數據庫: NCBI中的genome,直接下載NCBI上的基因組文件 ftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov genomes 植物基因組數據庫 包含約 個左右的植物,具體查看: 個左右植物基因組對應列表 下載 http: www.plantgdb.org prj GenomeBrowser 包含多個物種的基因組數據 如:柑橘 黃瓜 桉樹 海棠等約 個左右 個左右植物基因組對應列 ...
2020-06-06 21:11 0 1657 推薦指數:
在數據分析中,經常需要下載物種的參考基因組序列,這時有很多數據庫可以選擇,比如NCBI, Ensembl, UCSC這三個通用的數據庫,或者該物種特有的數據庫, 比如模式生物擬南芥等有專門的數據庫。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中對於同一個物種,編號不統一,在這里整理一下它們之間 ...
HGNC 全稱為HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委員會,負責對人類基因組上包括蛋白編碼基因, ncRNA基因,甲基因和其他基因在內的所有基因提供一個唯一的,標准的,可以廣泛傳播的symbol; 數據庫的主頁為 http ...
/DataSlicer 假定要尋找“6:133098746-133108745”這段距離的SNP數據,“6”表示 ...
2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)雜志上,在線公布了一個可搜索微生物次生代謝物合成基因組簇的綜合性數據庫antiSMASH數據庫 4.0版,前3版年均引用250次,累計引物1600+;可實現基因組與基因組之間的相關天然產物合成基因簇的查詢和預測 ...
首先,進入千人基因組數據庫的網站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下圖所示,在數據庫的框框里輸入我們感興趣的SNP,比如rs608139 搜索后出現如下界面,黃色區域是我們感興趣的SNP,紅色框框 ...
本文關於如何在 NCBI 的 FTP 里下載需要的基因組數據。 已知信息 例如:我從文獻里看到作者測了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因組,想從NCBI下載。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun ...
基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...
參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...