原文:利用phylip軟件對SNP數據構建進化樹

下載 安裝phylip軟件 官網:http: evolution.genetics.washington.edu phylip.html 安裝成功的標志。 可執行程序在exe路徑下: 下載測試數據 ,提取一小部分進行測試: 參考 下面文章進行 構建進化樹https: zhuanlan.zhihu.com p 樣本ID必須是 個字符,這點很重要 使用如下命令修改: 下載vcf phylip.py腳 ...

2020-05-31 23:09 8 2977 推薦指數:

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根據VCF構建進化樹

VCF2Dis,是一款計算根據vcf文件計算距離矩陣的小工具 1 安裝 下載后 2 示例文件進行簡單使用 操作 得到的結果如下所示 3 構建樹 在線構建 上傳距離矩陣到在線網站, FastMe2.0。上傳以后,選擇Data type為Distance ...

Mon Jan 11 04:59:00 CST 2021 0 510
構建進化樹——bootstrap tests

bootstrap檢驗是什么? bootstrap檢驗即自舉法檢驗,就是放回式抽樣統計法,通過對數據集多次重復取樣,構建多個進化樹,用來檢查給定的分枝可信度。 自舉檢驗(bootstrapping)介紹 基因是對一組序列進化關系真實模式的一個估計. 說基因是一種估計,是因為在置換數目 ...

Fri May 01 03:29:00 CST 2020 0 825
使用 PhyML 構建進化樹

1. PhyML 簡介 使用 PhyML 構建最大似然。參考文獻:New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...

Sat Jun 06 01:32:00 CST 2020 0 1574
利用MEGA-X選擇模型及構建美化進化樹

對於經常構建進化樹的朋友來說,MEGA應該是個老朋友了。MEGA從1993年的第一個版本問世一直錘煉到去年剛剛發布的MEGA-X,已經經歷了26年,在這期間,MEGA共更新八個版本,先后在Molecular Biology and Evolution、Bioinformatics、Computer ...

Sun Mar 08 12:23:00 CST 2020 0 9120
系統進化樹-原理介紹及軟件使用

--系統進化樹-原理介紹及軟件使用-- 引自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html 什么叫系統進化? 系統發生分析一般是建立在分子鍾基礎上的。分子鍾:分子序列進化是按照一恆定速率進行的,所以積累突變的數量 ...

Sat Mar 26 01:05:00 CST 2016 0 10338
 
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