原文:上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

上傳RNA seq數據到NCBI GEO數據庫 單細胞RNA數據上傳 SRA NCBI example NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 幾個T 。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了 copy太慢,也太占空間 。 接下來,NCBI賬號申請好了,那就可以直接 ...

2020-05-26 13:44 0 1220 推薦指數:

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上傳RNA-seq數據NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
單細胞 RNA-seq 10X Genomics

單細胞流程跑了不少,但依舊看不懂結果,是該好好補補了。 有些人可能會誤會,覺得單細胞RNA-seq數據很好分析,跟分析常規的RNA-seq應該沒什么區別。今天的這篇文章2015年3月發表在Nature Genetics Review上,專門說明了一下單細胞RNA測序數據數據分析和計算 ...

Sat May 27 00:06:00 CST 2017 0 13409
RNA-seq 數據的簡單分析

主要介紹如何分析RNA-seq 數據 參考文檔 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...

Fri Oct 09 04:56:00 CST 2015 0 11048
RNA-seq表達數據之樣本PCA分析

Principal component analysis (PCA) 分析 主成分分析(PCA)幫助我們歸納總結和可視化數據集中的信息,這些數據包含由多個相互關聯的變量描述的個體 / 觀察主成分分析。 可以將每個變量視為不同的維度。 但如果您的數據集中有3個以上的變量,那么很難在多維超空間可視化 ...

Wed Nov 27 03:24:00 CST 2019 0 1509
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程

補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,雖然可以完成任務,但是數據量一多,批次多起來,就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程,那就要用起來,管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩,沒有針對local的一鍵安裝 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
Circular RNA的產生機制、功能及RNA-seq數據鑒定方法

推薦關注微信公眾號:AIPuFuBio,和使用免費生物信息學資源和工具AIPuFu:http://www.aipufu.com。 【Circular RNA的產生機制】 Circular RNA,縮寫為circRNA,中文名為環狀RNA,屬於非編碼RNA,是近年的一個重要研究熱點 ...

Thu Oct 03 05:54:00 CST 2019 0 565
 
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