原文:paml正選擇分析

自然選擇是五種遺傳力 突變 重組 選擇 基因流 漂變 之一,選擇壓力分析更是進化分析中不可或缺的一項重要內容。 自然選擇的檢測 非同義替代與同義替換的比值,即: 值,也就是通常所說的dN dS 或Ka Ks 。 當 時,中性進化 Neutral selection ,即不受選擇: 當 gt 時,正選擇 Positive selection 當 lt lt 時,負選擇 Negative selec ...

2020-08-04 15:25 0 3143 推薦指數:

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PAML 選擇壓力的計算

簡介 PAML(Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood)是倫敦大學的楊子恆(Yang Ziheng)教 授開發的一套基於最大似然估計來對蛋白質和核酸序列進行系統發育分析的軟件,對學術使用是 免費 ...

Wed Jan 01 04:53:00 CST 2020 0 1126
PAML軟件中的mcmctree命令估算物種分歧時間

使用PAML進行分歧時間計算 PAML軟件中的mcmctree命令可以使用Bayesian方法估算物種分歧時間。 對程序輸入帶有校准點信息的有根樹、多序列比對結果,即可得到進化樹各內部節點95%置信區間分歧時間信息。 PAML軟件也能利用帶有枝長信息的樹,快速進行分歧時間計算 ...

Fri May 15 03:06:00 CST 2020 0 6495
Pr 入門教程,了解基本校正選

歡迎觀看 Premiere Pro 教程,小編帶大家學習 Pr 的基本編輯技巧,了解基本校正選項,使用「Lumetri 顏色」面板中的基本校正控件對剪輯進行顏色調整。 在本文中,我要使用的是06_01這個文件,在文件夾中找到該項目文件,雙擊該文件即可在 Pr 中將其打開。 調整好序列 ...

Mon Nov 29 21:36:00 CST 2021 0 171
選擇排序及其復雜度分析

問題:給定一個整數序列,按照從小到大的順序(確切地說,是非遞減的順序)排列序列中的整數。 輸入:一個整數序列。 輸出:整數序列,其中的整數升序排列。 選擇排序的思想:選出最小的一個和第一個位置交換,選出其次小的和第二個位置交換 …… 直到從第N個和第N-1個元素中選出最小的放在 ...

Wed Mar 18 21:51:00 CST 2015 2 14226
通過PAML中的CODEML模塊計算dnds的過程以及踩坑

最近幫女朋友做畢業設計的時候用到了 PAML這個軟件的codeml功能,發現網上相關的資料很少,於是把自己踩的一些坑分享一下,希望能幫到其他有相同困難的人 一、下載與安裝 PAML軟件下載地址 DAMBE軟件下載地址 二、使用方法 首先准備好 ...

Fri May 15 22:57:00 CST 2020 0 556
數據分析中圖表的選擇

1、折線圖   作用:適合於隨時間變化的遞增或遞減變量,有規律可循,需要了解某變量在一段時間的趨勢變化,就用折線圖。   注意:折線圖條數過多不宜放在一張圖內   具體例子:公司的A商品的年銷售 ...

Thu Aug 26 04:25:00 CST 2021 0 146
 
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