plink: 計算多個SNP集的連鎖不平衡（ld）
plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...
原文：LDheatmap | SNP連鎖不平衡圖（LD）可視化，自己數據實現版！
本文首發於 生信補給站 ，https: mp.weixin.qq.com s Gl BChxSYbSHMo oMpufPg 連鎖不平衡圖，用來可視化不同SNP之間的連鎖程度，前同事間俗稱 倒三角 圖。 本文使用自己的數據，因為安裝R包后使用內置數據集運行出結果較容易，但是自己的數據就可能會有一些不大不小的 坑 ，我替你們趟了。。。 一 載入R包 數據 數據為內置CEUData保存后，進行了 細微 ...
2020-05-09 10:31 0 1131 推薦指數：
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推薦一個畫連鎖不平衡圖（LD block）的軟件LDBlockShow，親測比haploview好用！
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