原文:比較基因組學中-利用單拷貝基因構建進化樹

同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder 多序列比對 Muscle MAFFT ClustalW T coffee, Muscle 效果好點 調取保守區域,並收尾連接,形成supergene Gblocks 進化樹構建 RaxML MEGA 等, 很多文獻用RaxML,PhyML或Mrbayes,因為ML樹和貝葉斯進化樹對核苷酸 氨基酸替代模型的選擇非常敏感,故在進行進化樹 ...

2020-04-11 10:26 0 3277 推薦指數:

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基因組學技術新進展與展望

基因組學技術新進展與展望 於軍 任魯風 王緒敏 (中國科學院北京基因組研究所) 近十年來,由“下一代測序(next generation sequencing; NGS)”技術引領的基因組科學與技術正在一個空前的高速度推動下迅猛發展。這個發展勢頭的加速度之高,其研究成果 ...

Wed Oct 09 04:26:00 CST 2019 0 1131
基因組學】maker的安裝和注釋

本文默認讀者有一定的生信基礎,沒有基礎的可以閱讀以前的筆記內容。 ============================================================ con ...

Mon Jan 10 03:03:00 CST 2022 10 2842
MetaPhlAn 2:宏基因組進化分析

描述 MetaPhlAn是分析從物種水平分辨率宏基因組鳥槍法測序數據的微生物群落(細菌,古細菌,真核細胞和病毒)的組成的計算工具。從版本2.0,MetaPhlAn還能夠確定具體的菌株(在將樣品含有先前測序的菌株的不那么頻繁的情況下),並跟蹤跨越樣品菌株的所有物種。 MetaPhlAn 2依靠 ...

Thu Nov 17 18:20:00 CST 2016 0 1768
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
根據VCF構建進化樹

VCF2Dis,是一款計算根據vcf文件計算距離矩陣的小工具 1 安裝 下載后 2 示例文件進行簡單使用 操作 得到的結果如下所示 3 構建樹 在線構建 上傳距離矩陣到在線網站, FastMe2.0。上傳以后,選擇Data type為Distance ...

Mon Jan 11 04:59:00 CST 2021 0 510
動物基因組與植物基因組基本差異

植物vs動物總結版: 簡述高等植物基因組(可以以擬南芥和水稻基因組為例)與高等動物基因組(可以以人類、果蠅等基因組為例)在基因結構層面展示出來的基本差異。 高等植物基因組與高等動物基因組基因結構上的基本差異主要是生命的第一困境,即復制-轉錄負載困境。 機制: 1.從平衡流 ...

Fri Dec 20 00:01:00 CST 2019 0 1047
 
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