原文:GenomeScope評估基因組大小和雜合度

在測序一個新物種時,首先需要對該物種的基因組結構有所了解,包括以下幾個內容: 基因組大小 重復片段大小 雜合度大小 基因組越大,雜合度也大,重復片段越大,該物種的組裝難度就越大。通常我們會通過genome survery分析,對以上幾個指標進行簡單評估,核心就是通過kme 分布來進行評估。 對於不同的基因組雜合度,kmer分布如下 當雜合度為 . 時,只有一個峰 當雜合度為 . 和 . 時,都有 ...

2020-04-07 10:20 0 4235 推薦指數:

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五個網站查物種基因組大小

動物基因組大小(需翻牆) 植物已測序的基因組大小 真菌基因組大小 原核生物基因組大小 5.NCBI怎么缺呢 注:若如,可要查近源種 ...

Wed Jun 12 01:00:00 CST 2019 0 538
基因組組裝評估】轉錄比對率

做完基因組組裝后,通常要評估基因組的質量,目前可以采用二三代數據比對回基因組看比對率和coverage,BUSCO,LAI等。轉錄數據比對率也是我們常用的方法,通常可以排除轉錄數據是否存在問題,也方便在后續注釋中排除轉錄數據樣本的問題。 可以用HiSAT2比對來查看比對率 ...

Fri Oct 29 22:27:00 CST 2021 0 873
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
動物基因組與植物基因組基本差異

植物vs動物總結版: 簡述高等植物基因組(可以以擬南芥和水稻基因組為例)與高等動物基因組(可以以人類、果蠅等基因組為例)在基因結構層面展示出來的基本差異。 高等植物基因組與高等動物基因組基因結構上的基本差異主要是生命學的第一困境,即復制-轉錄負載困境。 機制: 1.從平衡流 ...

Fri Dec 20 00:01:00 CST 2019 0 1047
NextDenovo 組裝基因組

NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT,Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效),可通過correct--assemble對其進行組裝。組裝后, ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
基因組轉座元件

轉座元件是一類能改變其自身在基因組當中的位置的DNA重復序列,它能夠使得突變產生,也能“逆轉”已有突變,它能改變生物細胞的遺傳屬性和基因組穩定性。1951年,美國冷泉港著名女性細胞遺傳學家Barbara McClintock發表文章“Induction of Instability ...

Wed Jun 17 19:08:00 CST 2020 0 540
如何到NCBI提交基因組

1 步驟和說明 NCBI官方說明 點此處打開提交基因組頁面 以下例子:純菌的基因組草圖用於新菌鑒定。 1.1 提交基因組數據到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因組數據; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的數據改為 .fsa 后綴,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
 
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