一、芯片數據 此次拿到的illumina芯片數據並不是原始的數據，已經經過GenomeStudio軟件處理成了finalreport文件，格式如下： 之前沒處理過芯片數據，對於這種編碼模式（Forward，top AB）的基因型數據很疑惑，查了很多資料，收效甚微。看過建明大神對芯片這塊 ...

在合並數據過程當中，經常會發現不同來源的數據正負鏈不是統一的，這是一件很頭疼的事。 正負鏈沒有統一的情況下直接合並在一起會產生什么后果呢。 舉個最簡單的例子，假如我們從小明和小紅分別拿到了一批基因型數據。那么存在以下幾種可能：1）小明的基因型數據統一好正鏈或者負鏈；2）小紅的基因型數據統一 ...

目錄 需求 示例文件 代碼實現 補充說明 需求 客戶的一個簡單需求： 我有一批功能基因位點，想從重測序的群體材料中找到這些位點，如何批量快速獲得？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實現 run.sh ...

這篇應該是甲基化QC的最后一篇啦。 感謝健明帶入門。 我前面已經寫完兩篇： QC1:甲基化數據QC：使用甲基化數據計算樣本間的相關性 QC2:甲基化數據QC: 使用甲基化數據推測SNP基因型（ewastools工具） 下面補充一下對甲基化樣本和CpG位點QC的總流程： 1、導入、加載 ...

首先，進入NCBI的主頁網站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 進入后，在下圖紅色框框位置輸入目的SNP，比如rs608139 輸完后，出現如下結果，箭頭指向的是該SNP當前所在基因座的位置，即p21，由於該SNP在2號染色體 ...

一、DNA甲基化簡介 1 、概念：DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳，是指DNA被化學小分子修飾的一種方式，即甲基（-CH3）共價結合到脫氧核糖核苷酸上，可以不改變脫氧核糖核苷酸序列而引起基因表達的的改變。 2 、發生位點：真核生物常見的甲基化位點有CpG（最主要）、CHG（H指A/T/C ...

。 在哺乳動物中，DNA甲基化對於正常發育必不可少，而且與很多生物學現象有密切聯系，包括基因組印跡，X染 ...

看文獻的時候，發現了g:Profiler這個寶藏工具，測試了一下，使用起來超級方便、好用，一定要分享給大家~ g:Profiler網址： https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 下面具體講一下該網站的功能。 1、GO 功能富集分析 功能富集分析包括：Gene ...