原文:簡單雙序列比對實現

目錄 序列對比過程中的罰分規則 選擇的序列 名稱 具體的序列info DNA的dotplot實現 采用蛋白質進行dotplot 使用矩陣進行打分 積分 罰分 BLOSUM 的規則 空位罰分 最優化 optimization 使用needle軟件進行在線global對比。 本地實現打分運算 調用BIO庫進行本地運算 手動計算 方式 一些局限性 手動計算過程 局部的序列的次優比對 局部次優比對的運算 ...

2020-03-31 00:43 0 935 推薦指數:

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序列比對

文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對(或多序列聯配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多條(3 條或以上)有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對,盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
Mega-序列比對

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...

Thu Mar 05 21:09:00 CST 2020 0 2365
用blastall進行序列比對

用blastall進行序列比對 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常強大,其下面有非常多的參數,但是一般使用的參數如:-p、-i、-d、-o、-e等幾個。 -p: 執行的程序名稱 -d: 搜索的數據庫名稱 -i : 要查詢的序列文件名(Query File ...

Fri Mar 06 18:38:00 CST 2020 0 698
序列比對&建樹

目錄 目標物種和序列 相關Seq列表 多序列比對的原理和方法 相關的工具 建樹的幾種方法 實際操作 Muscle&ClustalW 可視化 ...

Mon Apr 06 09:05:00 CST 2020 0 669
序列比對-muscle & trimal

2021年了,從零開始幾個字可以去掉了,做了很多次服務器搭建,其實能夠叫零的之前已經是講完了。 其實應該做一個總結,但是沒有時間,后面再說吧。 本文也沒有什么內容,因為很簡單: 首先, conda install orthofinder # 安裝muscle iqtree ...

Fri Jan 29 03:09:00 CST 2021 0 580
序列比對那點事兒

序列比對那點事兒 2012-04-17 ~ ADMIN 本來這應該是一本書,那樣的話的確需要花一點心思,就寫成一篇短文吧。 從字符比對開始說起吧。第一個問題最簡單,如何判斷兩個字符串是相等的。 int strcmp(const ...

Fri Oct 19 05:50:00 CST 2018 0 1405
MAFFT 進行多序列比對

簡介 最經典和廣為熟知的多序列比對軟件是 clustalw 。 但是現有的多序列比對軟件較多,有文獻報道:比對速度(Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee),比對准確性(MAFFT>Muscle>T-Coffee> ...

Mon Dec 30 03:01:00 CST 2019 0 2962
megacc的進行多序列比對

1.軟件的安裝: 網站:http://www.megasoftware.net/ windows上安裝,下載windows-command line(cc)版本的,格式為zip,解壓之后,里面有兩 ...

Fri Dec 22 03:59:00 CST 2017 0 1842
 
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