原文:如何獲得FPKM/RPKM計算需要的基因長度(考慮exon之間的overlap)

版權聲明:本文為博主原創文章,轉載請注明出處 這里我們跟Cufflinks的原理一致,使用總的外顯子長度,並且去除過多的重疊的外顯子的部分。使用R語言,輸入為基因的GTF文件 包的安裝 依賴data.table, IRanges,rtracklayer 代碼 結果文件 基因長度文件 鏈接:https: pan.baidu.com s NtfM ESyNyaT kVaKu MyQ 提取碼:gy 復 ...

2020-03-19 10:27 0 1890 推薦指數:

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基因表達量表示方法 RPKM VS FPKM VS TPM

之前不是很理解這兩個概念,看了本文之后就差不多理解了。 基因組學技術專題(二):為什么說FPKM/RPKM是錯的 轉自:安諾基因 我們都知道RNA-seq是通過NGS技術來檢測基因表達量的測序方法。在衡量基因表達量方面,若是單純以比對到參考基因的Reads個數(我們通常稱之為Count值 ...

Thu Feb 16 00:24:00 CST 2017 0 1485
FPKM/RPKM以及TPM的理解

FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 閱讀數:559 標簽: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 個人分類: RNA-Seq ...

Thu Oct 18 18:49:00 CST 2018 0 949
【生物信息】RPKM, FPKM和TPM

注:這幾個名詞是RNA-Seq數據分析中的基礎,在此小結一下。 在RNA-Seq的分析中,對基因或轉錄本的read counts數目進行標准化(normalization)是一個極其重要的步驟,因為落在一個基因區域內的read counts數目取決於基因長度和測序深度。很容易理解:一個基因 ...

Mon Jul 06 23:38:00 CST 2020 0 6012
TPM、read counts、RPKM/FPKM你選對了嗎?

TPM、read counts、RPKM/FPKM你選對了嗎? 已有 3940 次閱讀 2017-12-15 15:04 |個人分類:RNA-seq|系統分類:科普集錦|關鍵詞:RNA-seq| RNA-seq 本文轉載自嘉因微信公眾號,已獲得授權。查看最新文章,敬請 ...

Fri Oct 19 05:37:00 CST 2018 0 1316
轉錄組表達量計RPKMFPKM、TPM說明

在轉錄組測序(RNA-Seq)中,基因的表達量是我們關注的重點。基因表達量的衡量指標有:RPKMFPKM、TPM。 RPKM:Reads Per Kilobase Million;說實話,這個英文說明真的很費解,其實可以理解為“Reads Per Kilobase Per Million ...

Sat Apr 28 06:03:00 CST 2018 0 31657
計算基因組外顯子長度

下載基因組外顯子信心 網站 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt 運行下列代碼 ...

Tue Jan 10 07:51:00 CST 2017 0 1375
 
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