在轉錄組測序（RNA-Seq）中，基因的表達量是我們關注的重點。基因表達量的衡量指標有：RPKM、FPKM、TPM。
RPKM：Reads Per Kilobase Million；說實話，這個英文說明真的很費解，其實可以理解為“Reads Per Kilobase Per Million Reads”，即“每一百萬條Reads中，對基因的每1000個Base而言，比對到該1000個base的Reads數”，計算公式。
FPKM：Fragments per Kilobase Million，FPKM意義與RPKM極為相近。二者區別僅在於，Fragment 與 Read。RPKM的誕生是針對早期的SE測序，FPKM則是在PE測序上對RPKM的校正。只要明確Reads 和 Fragments的區別，RPKM和FPKM的概念便易於區分。Reads即是指下機后fastq數據中的每一條Reads，Fragments則是指每一段用於測序的核酸片段，在SE中，一個Fragments只測一條Reads，所以，Reads數與Fragments數目相等；在PE中，一個Fragments測兩端，會得到2條Reads，但由於后期質量或比對的過濾，有可能一個Fragments的2條Reads最后只有一條進入最后的表達量分析。總之，對某一對Reads而言，這2條Reads只能算一個Fragments，所以，Fragment的最終數目是Reads的1到2倍之間。
TPM：Transcripts Per Million，這個英文也很費解。先不糾結字面意思了，直接解釋它的計算方法。TPM的計算分3步：
step1：根據基因/轉錄本長度校正count值；假設某基因count值為R1，則校正后count值為：
R1/(L1/1000)；
注: L1為該基因的長度；
step2：計算total 校正后count值；即所有基因的校正后count值總和，Rtotal；
step3：計算TPM；TPM結果為：
R1*1000*1000000/(L1*Rtoatl)。