【轉錄組入門】8：差異基因結果注釋
作業要求： 我們統一選擇p<0.05而且abs(logFC)大於一個與眾的基因為顯著差異表達基因集，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析。 然后把表達矩陣和分組信息分別作出cls和gct文件，導入到GSEA軟件分析。 基本任務是完成這個分析。 【1】環境 ...
原文：轉錄組（八）：差異基因注釋
引入clusterProfiler與注釋數據 GO gene ontology 分析 GO，Gene Ontology，是基因功能國際標准分類體系。它旨在建立一個適用於各種物種的，對基因和蛋白質功能進行限定和描述的，並能隨着研究不斷深入而更新的語言詞匯標准。GO分為分子功能 Molecular Function 生物過程 Biological Process 和細胞組成 Cellular Comp ...
2020-08-10 12:28 0 580 推薦指數：
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參考基因組下載 基因組各版本的對應關系http://www.bio-info-trainee.com/1469.html GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75. ...
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10、差異基因topGO富集
參考：http://www.biotrainee.com/thread-558-1-1.html http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/ http:/ ...
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edgeR的介紹 背景 RNA-seq表達譜與生物復制的差異表達分析。 實現一系列基於負二項分布的統計方法，包括經驗貝葉斯估計，精確檢驗，廣義線性模型和准似然檢驗。 與RNA-seq一樣，它可用於產生計數的其他類型基因組數據的差異信號分析，包括ChIP-seq，Bisulfite-seq ...
基因組注釋
基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...