什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現,轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況,主要分為兩類,一類是基於雜交,一類是基於下一代測序技術 ...
若已經拿到表達矩陣exprSet 若差異較大,進行log縮小不同樣本的差距 熱圖全體 對差異基因進行繪制,步驟都類似,在進行繪制時,應對數據進行一定處理 rlog 進行數據標准化 標准化和raw count 的比較 可以看到rlog后,樣本間可以進行很好觀察 參考:生信技能樹 END 關注下方公眾號可獲得更多精彩 ...
2020-02-05 22:07 0 3588 推薦指數:
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現,轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況,主要分為兩類,一類是基於雜交,一類是基於下一代測序技術 ...
代碼展示 Note:我是將自己的網絡訓練后保存模型,再加載未預訓練的Resnet50模型,再加載自己主干網絡的參數最后輸出提取的特征,這樣不用改動太多代碼 比較便捷的一點就 ...
簡單理解RNA-seq 劉小澤 已關注 2018.10.17 23:51* 字數 1518 閱讀 46評論 0喜歡 3 今天就當一個小故事看吧,看了statQuest,感覺講的很棒,於是分享給大家原版視頻后台回復 ...
熱圖可以聚合大量的數據,並可以用一種漸進色來優雅地表現,可以很直觀地展現數據的疏密程度或頻率高低。 本文利用R語言 pheatmap 包從頭開始繪制各種漂亮的熱圖。參數像積木,拼湊出你最喜歡的熱圖即可,如下圖: 基因和樣本都可以單獨聚類,排序,聚類再分組,行列注釋,配色 ...
轉錄組是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合。轉錄組研究能夠從整體水 平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理,已廣泛應 用於基礎研究、臨床 ...
這部分開始進行基本的富集分析,兩類 A:差異基因富集分析(不需要表達值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有無差異, ...
為什么必須了解建庫技術? 轉錄組有哪些分類? 有哪些常見的RNA-seq建庫技術?各有什么特點 活體真核細胞里有哪些RNA,各自有什么功能,占比多少? PCR對RNA-seq的影響?PCR free是什么意思? 為什么RNA-seq總有一部分reads無法比對到轉錄組? RNA-seq ...
主要介紹如何分析RNA-seq 數據 參考文檔 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...