往NCBI上上傳數據: 1.注冊並登陸NCBI,點擊主頁的submit選項 2.創建bioproject,以及biosample號 (Bioproject: Bioproject是一個項目的編號,在文章發表的時候,讀者需要通過這個號來找到你文章中的數據存放到哪里去了,因此,在投稿之前 ...
FileZilla軟件下載網址:https: www.filezilla.cn 賬號設置:協議 FTP文件傳輸協議,加密 只使用普通FTP 不安全 ,登錄類型 詢問密碼,進入NCBI指定文件夾,上傳數據。 來源: http: blog.sciencenet.cn blog .html ...
2020-01-15 09:13 0 1695 推薦指數:
往NCBI上上傳數據: 1.注冊並登陸NCBI,點擊主頁的submit選項 2.創建bioproject,以及biosample號 (Bioproject: Bioproject是一個項目的編號,在文章發表的時候,讀者需要通過這個號來找到你文章中的數據存放到哪里去了,因此,在投稿之前 ...
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...
SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...
1、prefetch SRRxxxxxx ~/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下載方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA數據庫 SRA數據 ...
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
如何使用sratoolkit下載NCBI數據? 比如我想下載這個研究的數據, 使用prefetch命令,輸入對應的SRA號碼 prefetch SRR10861695 默認下載限制是20G的數據,如果下載的數據較大,可以修改配置,比如改為最大100G prefetch --max-size ...
今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接,網上查發現都是老的方法,NCBI頁面已經變更,於是看了NCBI的help,並且記錄下來新版的sra數據下載方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄,總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中斷不能繼續 ...
簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...