原文:基因組序列注釋 (基因結構預測)

基因組組裝完后需要對基因組序列進行注釋。注釋前首先得構建基因模型,有三種策略: 同源預測 homology based prediction :有一些基因蛋白在相近物種間的保守型高,所以可以使用已有的高質量近緣物種注釋信息通過序列聯配的方式確定外顯子邊界和剪切位點 基於轉錄組預測 transcriptome based prediction :通過物種的RNA seq數據輔助注釋,能夠較為准確的 ...

2019-12-21 17:29 0 4736 推薦指數:

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基因組預測】braker2基因結構注釋要點記錄

目錄 流程使用 問題 記錄下braker2的使用要點,以備忘記。 流程使用 braker2有很多流程,根據你的數據:組裝的基因組、轉錄、蛋白(同源,包括近緣或遠緣)選擇不同流程,官網有說明: https://github.com ...

Tue May 25 05:28:00 CST 2021 0 1963
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測基因結構預測基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
基因組注釋】ncRNA注釋

目錄 1. ncRNA 2. 軟件 tRNA注釋 rRNA注釋 其他ncRNA注釋 3. 注釋 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等結果的統計 ...

Mon Oct 11 20:11:00 CST 2021 1 2029
轉錄入門(4):了解參考基因組基因注釋

任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組; 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件,並且用IGV去查看感興趣的基因結構,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL,NCBI的gtf,也導入IGV看看,截圖 ...

Fri Aug 11 09:00:00 CST 2017 0 6094
SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
mVISTA 多序列比對葉綠體基因組

mVISTA可對2個或者多個DNA序列進行比較,可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 0 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上傳文件不得> 10 Mb ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
 
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